天道昭然

文章来源：生信技能树原文：GEO数据挖掘-第一期-胶质母细胞瘤（GBM）文章标题 lncRNAs PVT1 and HAR1A are prognosis biomarker...

冻春卷

按我前面文章继续反思：如何才能入门生信？中提到的学习方案执行。 总的方案： 孟老师推荐关于最后一部分的四大切入点，最后是把几个不同的Seq的过程细节都了解一下。 第一部分：l...

亦是旅人呐

PMID: 34000456DOI: 10.1016/j.jprot.2021.104266 摘要 化疗耐药是导致乳腺癌（BC）复发和癌症相关死亡率高的主要因素。聚糖的异常水...

科研小徐

单细胞测序下游原始文件主要以三种形式在GEO存储 针对三种不同的存储形式分别对应不同的seurat对象创建方式 1.以标准的barcodes.tsv、genes.tsv、ma...

Seurat_Satija

目前单细胞转录组领域用的比较多的细胞聚类方法大多是直接从基因表达矩阵推断，但是对于多样本合并分析，很多情况下会出现难以解决的批次效应，例如：有些癌症多样本的聚类结果大多每个样...

米开朗巨魔

TCGA临床数据的下载这里不做介绍。下载后解压数据会得到包含多个子文件夹的的文件，如下所示： 每个子文件夹下通常包含XML文件，有的也会包含多个文件。但我们需要用到的就是XM...

千容安

下载流程 数据较多时，用gdc-client，下载后配置环境变量 将之前manifest下载的txt文件找到：“gdc_manifest_20220119_144759.tx...