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    无监督一致性聚类

    Consensus Clustering(一致性聚类),无监督聚类方法,可根据不同组学数据集将样本区分成几个亚型,从而发现新的疾病亚型或者对不同...

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    Cox回归分析——森林图

    将Cox回归分析的结果提取出来,用森林图展示 step1 生成示例数据 生成的df数据框,如下图所示: 包含了病人ID,生存时间,结局事件和...

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    泛癌分析— (2)

    单基因数据在癌症中的表达 上面得到的result.txt文件,读入R中,进行可视化。代码如下(Rstudio): 得到的图片如下:

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    泛癌分析 —(1)

    泛癌分析基因表达矩阵处理 Note:数据从UCSC Xena下载,一共33种癌症,这里对于如何下载不做介绍。 1. 文件下载和处理 下载好的数据...

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    基因表达矩阵和生存时间的合并

    通常来说,GEO和TCGA的基因表达数据和临床数据是分开的,为了合并这两个数据,这里使用R进行操作。 基因表达数据如下: 生存数据如下: 在R中...

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    TCGA临床数据的提取

    TCGA临床数据的下载这里不做介绍。下载后解压数据会得到包含多个子文件夹的的文件,如下所示: 每个子文件夹下通常包含XML文件,有的也会包含多个...

  • 临床基线表与COX回归

    在临床研究统计分析中,临床基线表对于展示研究数据的信息和结构尤为重要。本文以R语言中自带临床数据集lung为例,展示基本的COX回归与临床基线表...

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    临床数据森林图

    Forest plot(森林图) 森林图在临床数据分析中很常见,通过图片的形式直接展示一些常见回归分析的结果,比表格更直观和清晰。 思路流程大概...

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