声明：因为本人使用过程中遇到了很多原来人碰得到的问题，放防止以后遗忘，所以做一下记录，因为前总结的很到位，所以直接引用到自己日常记录，供日后查阅。 主要引用为：【原创文章】辣...
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2021-05-25 picard和beagle软件使用过程中遇到的各种问题 -
生信码农：流程脚本编写规范
流程是介于脚本与软件的一组代码文件，所以在写流程的时候要知道脚本的基本结构以及软件开发的基本常识。前者要掌握，后者要了解。 出于掌握的需要，重温一下： Name:脚本名字 D...
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讨厌又迷人的reads去重复在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此一些“无关紧要“细节就被我们刻...
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计算位点的覆盖度和深度前面搜集了一些计算测序覆盖度和深度的方法，这次详细介绍下samtools如何解决了我的问题。 计算WGS/WES/panel捕获效率/覆盖度的方法有哪些：https://ww...
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R 数据可视化 —— 图形排列之 cowplot前言 cowplot 包是 ggplot 的一个简单插件，可以对多个图形进行排列和对齐，来生成复杂的出版级别的图片，还提供了一些主题和帮助函数。 安装 导入相关包 示例 1....
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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biostar handbook(十)|如何进行变异检测什么是基因组变异 基因组变异是一个定义比较模糊的概念. 所谓的变异是相对于一个完美的“参考基因组”而言。但是其实完美的“参考基因组”并不存在，因为我们只是选择某一个物种里的其...
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【群体遗传】Fst（群体间分化指数）（1）是什么？含义是什么？ ，全称为fixation index，是一种用于衡量群体间分化程度的统计检验量（由Wright's F-statistics衍生而来）。 一般从S...
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推荐一个画连锁不平衡图（LD block）的软件LDBlockShow，亲测比haploview好用！
最近需要画LD block,之前一直用haploview软件画，haploview软件毛病比较多，比如不能有多态位点，输入的变异位点不能太多等。动不动就报错。 最近试了一下另...
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R语言的plyr包简介R语言中的类SQL操作 plyr包可以进行类似于数据透视表的操作，将数据分割成更小的数据，对分割后的数据进行些操作，最后把操作的结果汇总。 本文主要介绍以下内容： Split...
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DESeq2差异分析十全大补使用笔记写在前面：新手老菜鸟，个人心得，不足之处欢迎交流指正；写作不易，转载前请联系我征得同意，谢谢。 1.基本原理 1.1 概述 全称：DESeq2 package for dif...
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Rstudio包管理一网打尽，最全的R包管理终极教程Rstudio/R的包（package）管理是个老生常谈的问题，很少有人去总结，因为大家都认为比较简单。今天我就把所有的安装和管理R包的方法一起写一写。 一、包在哪里？ CR...
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自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书，特别感谢一下！！！ emapper首先得到注释...
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R语言中read.table函数不常见的用法-文本中有#注释符号
自从开始学习R语言，read.table是较早接触到的函数，因为要读取数据，也因为最开始学习数据分析是用“制表分隔符的txt”文件比较多，xlsm在linux系统中又不太合适...
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Bingo(Cytoscape插件)GO功能富集分析转录组分析中基因的GO富集分析这步有很多软件可以选择，这次我们来介绍下如何利用Cytoscape软件中的一个简单又好用的Bingo小插件完成富集的工作，Cytoscape其实...
