@越努力 没有,lst文件包括了基因组位置信息喝对应的序列信息,所以肯定是可以提的,让GPT啥的写一下
跟着Science学保守元件(Conserved Elemtns)的鉴定0.代码来源文章参考:《Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evoluti...
@越努力 没有,lst文件包括了基因组位置信息喝对应的序列信息,所以肯定是可以提的,让GPT啥的写一下
跟着Science学保守元件(Conserved Elemtns)的鉴定0.代码来源文章参考:《Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evoluti...
pal2nal.plhttps://github.com/liaochenlanruo/PAL2NAL[https://github.com/liaochenlanruo/P...
@越努力 对,但是输出结果是以参考基因组作为坐标。
跟着Science学保守元件(Conserved Elemtns)的鉴定0.代码来源文章参考:《Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evoluti...
效果图红色箭头是高亮展示的基因 nucmer比对与输入文件的准备这里我们使用mummer4 cat coords2link.sh 2.软件网址:https://github....
PSMC模型主要利用二代重测序的比对结果进行构建,看到第一篇用三代构建群体历史的文章,发表在MBE上,名字叫“Genome Assembly of a Living Foss...
gene2go <- gene2go[gene2go$GO != "-", ]
解决了,有些基因注释不出来GO号,就是 "-"
自己构建物种包OrgDb,然后用clusterProfiler富集分析利用clusterProfiler进行富集分析时,发现网上没有物种包OrgDb,利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书,特别感谢一下!!! emapper首先得到注释...
你好我一直遇到:GO Ids must be formatted like 'GO:XXXXXXX'
但是我的格式就是按照这个样子的呀:
# A tibble: 6 × 3
GID GO EVIDENCE
<chr> <chr> <chr>
1 Peregrine_CCG013916.1 GO:0000217 IEA
2 Peregrine_CCG013916.1 GO:0000405 IEA
3 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003674 IEA
4 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003676 IEA
5 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003677 IEA
6 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003690 IEA
自己构建物种包OrgDb,然后用clusterProfiler富集分析利用clusterProfiler进行富集分析时,发现网上没有物种包OrgDb,利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书,特别感谢一下!!! emapper首先得到注释...
RepeatMask 2.让我们转战R 分歧度 = 突变率 * 分化时间e. g. () 括号里面的是单位8.15% = 26.9 (Mya) * 3.03 (e-9) *...
0.脚本由大模型生成 鉴定ROH 统计ROH cat stat.ROH.py
在clusterProfiler进行富集分析时,发现目前只支持19个物种,如果要对这些物种之外的物种进行富集分析则需要自己构建orgDb物种包。 1.首先安装eggnog-m...
脚本由GPT生成运行完nucmer后,想要知道每条染色体的比对情况 cat merge.gap.analyze_alignment.py cat analyze_alignm...
MUMmer出现的历史背景测序技术刚开始发展的时候,大家得到的序列都是单个基因的长度,所以一般都是逐个基因的比较,用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据...
该工具和使用purge_haplogs处理基因组杂合区域类似,但速度更快。 purge_dups能够根据read深度分析组装中haplotigs和overlaps。相对于另一...
0.refhttps://doi.org/10.1186/s12864-019-5470-2[https://doi.org/10.1186/s12864-019-5470-...
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基因组注释 从头预测到合并流程本攻略最早更新在https://github.com/gotouerina/Annotation[https://github.com/gotouerina/Annotati...
本攻略最早更新在https://github.com/gotouerina/Annotation[https://github.com/gotouerina/Annotati...
IQ-tree也是一款最大似然法构建进化树的软件,目前IQ-tree已经更新到2.0版本功能和性能也有很大的提升,主要有四大功能,高效建树(efficient tree re...