接，有什么要求，报酬是多少
仅作个人笔记 - 使用RepeatMask推断TE的插入时间RepeatMask 2.让我们转战R 分歧度 = 突变率 * 分化时间e. g. () 括号里面的是单位8.15% = 26.9 (Mya) * 3.03 (e-9) *...
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仅作个人笔记 - 使用RepeatMask推断TE的插入时间
RepeatMask 2.让我们转战R 分歧度 = 突变率 * 分化时间e. g. () 括号里面的是单位8.15% = 26.9 (Mya) * 3.03 (e-9) *...
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构建所需orgDb，用于clusterProfiler富集分析在clusterProfiler进行富集分析时，发现目前只支持19个物种，如果要对这些物种之外的物种进行富集分析则需要自己构建orgDb物种包。 1.首先安装eggnog-m...
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统计nucmer的比对结果
脚本由GPT生成运行完nucmer后，想要知道每条染色体的比对情况 cat merge.gap.analyze_alignment.py cat analyze_alignm...
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MUMMER 两个基因组间比较MUMmer出现的历史背景测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据...
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使用Purge_dups去冗余序列
该工具和使用purge_haplogs处理基因组杂合区域类似，但速度更快。 purge_dups能够根据read深度分析组装中haplotigs和overlaps。相对于另一...
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使用SuperRec对染色体进行三维建模/3D chromatin reconstruction0.refhttps://doi.org/10.1186/s12864-019-5470-2[https://doi.org/10.1186/s12864-019-5470-...
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已加入肯德基全家桶豪华套餐
基因组注释 从头预测到合并流程
本攻略最早更新在https://github.com/gotouerina/Annotation[https://github.com/gotouerina/Annotati...
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基因组注释 从头预测到合并流程
本攻略最早更新在https://github.com/gotouerina/Annotation[https://github.com/gotouerina/Annotati...
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IQtree：使用 SNP 数据构建系统发育树IQ-tree也是一款最大似然法构建进化树的软件，目前IQ-tree已经更新到2.0版本功能和性能也有很大的提升，主要有四大功能，高效建树（efficient tree re...
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仅作个人笔记 - 画猫单倍型基因组重组率那种图想画下图中的下半部分，基因组不同位置的重组率ref: https://doi.org/10.1038/s41588-023-01548-y[https://doi.org/1...
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基于short reads的结构变异鉴定工具的综合评价本文的部分内容来源于“Comprehensive evaluation and characterisation of short read general-purpose ...
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哈喽
这部分基本就可以进行 phasing 了，但我在计算的时候，不知道什么原因，部分缺失位点的基因型，理论上应该是 ./. ，但部分位点变成了 . ，这会导致 phasing 过程无法读取文件，我也没查到怎么解决，就直接写了个 perl 脚本将 . 的基因型改为了 ./. 。
脚本见 ：修改 VCF 文件中错误编码的基因型
这一段可以忽略，大家可能不会遇到这个问题。
这个脚本可以分享一下吗基于重测序数据计算 iHS 选择信号
Integrated Haplotype Score (iHS) (Voight et al., 2006) 是基于单倍型的选择信号检测软件。iHS 通过比较单倍型频率的衰减...
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@64f34fc9eec3 只跑完Agora也有数百个CAR的话，再运行ANGEs。。。或者数百个CAR里面，有些CAR基因数量很少，这样的不要也行
使用Agora/ANGEs构建祖先核型
0.忘了是在那篇文献看到的，用了Agora，再把Agora的输出结果喂给ANGEsAgora和ANGEs都是构建祖先核型的软件个人实测是Agora构建的结果太碎了, ANGE...
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LDdecay使用介绍介绍：使用PopLDdecay软件生成群体的LD衰减图。从大群体中提取subgroup的vcf作为PopLDdecay的输入。 使用PopLDdecay中程序Plot_Mul...
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有参二代重测序数据组装高质量基因组之前有一批样本坏掉了，DNA跑胶跑出来就不到10Kb，本着样本难得的心态，送去搞了点二代DNA重测序，想着能不能靠着二代数据组装个好点的基因组；又嫌弃illumina太贵，用...