深山夕照深秋雨OvO

@越努力 没有，lst文件包括了基因组位置信息喝对应的序列信息，所以肯定是可以提的，让GPT啥的写一下

跟着Science学保守元件(Conserved Elemtns)的鉴定

0.代码来源文章参考:《Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evoluti...

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pal2nal.plhttps://github.com/liaochenlanruo/PAL2NAL[https://github.com/liaochenlanruo/P...

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@越努力 对，但是输出结果是以参考基因组作为坐标。

跟着Science学保守元件(Conserved Elemtns)的鉴定

0.代码来源文章参考:《Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evoluti...

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PSMC模型主要利用二代重测序的比对结果进行构建，看到第一篇用三代构建群体历史的文章，发表在MBE上，名字叫“Genome Assembly of a Living Foss...

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gene2go <- gene2go[gene2go$GO != "-", ]
解决了，有些基因注释不出来GO号，就是 "-"

自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析

利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书，特别感谢一下！！！ emapper首先得到注释...

生信小白2018

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你好我一直遇到：GO Ids must be formatted like 'GO:XXXXXXX'
但是我的格式就是按照这个样子的呀：
# A tibble: 6 × 3
GID GO EVIDENCE
<chr> <chr> <chr>
1 Peregrine_CCG013916.1 GO:0000217 IEA
2 Peregrine_CCG013916.1 GO:0000405 IEA
3 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003674 IEA
4 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003676 IEA
5 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003677 IEA
6 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003690 IEA

自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析

利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书，特别感谢一下！！！ emapper首先得到注释...

生信小白2018

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RepeatMask 2.让我们转战R 分歧度 = 突变率 * 分化时间e. g. () 括号里面的是单位8.15% = 26.9 (Mya) * 3.03 (e-9) *...

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0.脚本由大模型生成 鉴定ROH 统计ROH cat stat.ROH.py

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脚本由GPT生成运行完nucmer后，想要知道每条染色体的比对情况 cat merge.gap.analyze_alignment.py cat analyze_alignm...

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该工具和使用purge_haplogs处理基因组杂合区域类似，但速度更快。 purge_dups能够根据read深度分析组装中haplotigs和overlaps。相对于另一...

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已加入肯德基全家桶豪华套餐

基因组注释 从头预测到合并流程

本攻略最早更新在https://github.com/gotouerina/Annotation[https://github.com/gotouerina/Annotati...

八桥

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