IQ-tree也是一款最大似然法构建进化树的软件，目前IQ-tree已经更新到2.0版本功能和性能也有很大的提升，主要有四大功能，高效建树（efficient tree re...
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IP属地：广西
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IQtree：使用 SNP 数据构建系统发育树 -
基于short reads的结构变异鉴定工具的综合评价本文的部分内容来源于“Comprehensive evaluation and characterisation of short read general-purpose ...
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LDdecay使用介绍介绍：使用PopLDdecay软件生成群体的LD衰减图。从大群体中提取subgroup的vcf作为PopLDdecay的输入。 使用PopLDdecay中程序Plot_Mul...
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有参二代重测序数据组装高质量基因组之前有一批样本坏掉了，DNA跑胶跑出来就不到10Kb，本着样本难得的心态，送去搞了点二代DNA重测序，想着能不能靠着二代数据组装个好点的基因组；又嫌弃illumina太贵，用...
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保守loop的鉴定 - 三维基因组
通过三维基因组的分析鉴定了一些loop（染色质环）想看这些染色质环在物种间是不是保守的，或者做一个核心loop，类似于泛基因组 2.保守loop的鉴定https://gith...
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Juicer:Hi-C数据处理分析（一）参考： [1]. Durand, N.C., et al., Juicer Provides a One-Click System for Analyzing Loop...
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用k-mer分析进行基因组调查：（四）用GenomeScope评估基因组特征+用Smudgeplot估计倍性（全文约3500字） 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+Genome...
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WGDI - 推断祖先核型0.仅作个人笔记使用意思就是只考虑我能不能看懂具体每个参数的含义参照官方文档, 这里全部用默认参数https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
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hyphy计算选择压力(+pal2nal的使用)官网：http://www.hyphy.org/[http://www.hyphy.org/]http://www.bork.embl.de/pal2nal/[http://...
