简介 Markdown 是一种轻量级标记语言，它用简洁的语法代替排版，使我们专心于码字。它的目标是实现易读易写，成为一种适用于网络的书写语言。同时，Markdown支持嵌入h...
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Markdown的常用语法(个人总结)
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不看私信<br>看不到的文章是被简书锁了
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一文阐述链特异性测序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?小小的眼睛里，装着……大大的疑惑 全文2800字，伤脑筋…… 今天尝试把自己对于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 这个问题的理解给...
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请问FindIntegrationAnchors那里的图片有出处吗？还是自己做的啊
单细胞数据整合分析之寻找最近邻（k.anchor、k.filter、k.score、MNN）
在单细胞数据中，整合方法是我们用到的最常用的算法，至于函数当然是FindIntegrationAnchors，但是其中有些内容我们需要深入了解一下，在这里我们就需要来弄明白整...
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seurat-NormalizeData()源码解析年底复盘，发现很多知识点理解并不深入，想对这些不清晰的知识点重新梳理一下。 一、NormalizeData()归一化 考虑到文库测序深度的影响，我们需要对单细胞counts矩...
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Seurat对象、SingleCellExperiment对象和scanpy对象的转化Seurat官网：https://satijalab.org/seurat/articles/conversion_vignette.html[https://satijal...
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Seurat包之导入单细胞数据方式汇总挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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R-ggplot2-说说绘图中颜色的这点事-应该是比较全的总结篇0. 问题导入 之前绘图的时候，我经常会去RGB颜色对照表[https://tool.oschina.net/commons?type=3]上手动去摘选颜色码，然后手动粘到g...
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生信格式中的0-base与1-base
CheatSheet 首先先放上 0-based 和 1-based 的cheatsheet FormatTypeUCSC Genome Browser tables（USC...
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ATAC-seq ENCODE流程我突然发现我们的超算上有大名顶顶的ENCODE数据库ATAC-seq的分析流程，对于个人而言也可以轻松安装并进行调用[https://github.com/ENCODE-DC...
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三维基因组中的开放染色质互作网络（二）
文章来源：科研圈2018-05-12 北京大学生命科学学院贾璐萌，李亭亭（李程研究组） 上回说到Hi-C更适用于研究大尺Hi度上的染色质结构，而不适用于研究转录调控元件之间的...
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Nature Reviews Genetics：3D基因组组织工程今天是在NYU搬砖的最后一天了~ 下周一就要去MSKCC报道了。心里还是有一些些小惆怅的~ 但是文献的学习还是不能停下的，不然到新的实验室会闹笑话~这篇笔记记录的是一篇发表在...
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DNA loop是什么——Loop结构学习摸索了很久，在中文网没有找到很理想的带领小白入门三维基因组学的专题内容，因此在学习的过程中想把这写内容记录下来，希望对后来的像我这样的学生能够得到一些帮助。 随着Hi-C...
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TT-seq文献阅读(TT-seq maps the human transient transcriptome)今天的笔记是关于另一种RNA测序的方法，称为TT-seq。其实这些测序方法在几年前被人们所使用了，但是因为自己并不了解这些知识，所以要慢慢的补起来。 文献题目：TT-seq ...
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PRO-seq文献阅读Base-pair-resolution genome-wide mapping of active RNA polymerases using precision nucl...
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零膨胀负二项模型（ZINB，10X单细胞和10X空间转录组的基础知识）学习一点简单的基础知识 单细胞RNA测序(single-cell RNA-seq，scRNA-seq)数据是非常有特点的数据，具有很高的稀疏性(high sparsity)，...
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ATAC-seq生信分析综述翻译(Genome Biology)这是目前为止我看到过的关于ATAC-seq的最新综述，感兴趣的话值得一读。2020.4.22更新：我看到一个公众号也翻译了这篇文章，而且正好跟我这篇翻译是在同一天发表http...
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你考虑过computeMatrix的工作原理么?写在前面的话 你既然点进来了，说明你多半用过这个软件。但我猜，大多数人早期使用这个软件的时候，一定是赶鸭子上架：因为要画图，所以必须会。 但你真的懂了么？ 太长不看系列 对于...
