简介 Markdown 是一种轻量级标记语言，它用简洁的语法代替排版，使我们专心于码字。它的目标是实现易读易写，成为一种适用于网络的书写语言。同时，Markdown支持嵌入h...
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Markdown的常用语法(个人总结)
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一文阐述链特异性测序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?小小的眼睛里，装着……大大的疑惑 全文2800字，伤脑筋…… 今天尝试把自己对于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 这个问题的理解给...
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seurat-NormalizeData()源码解析年底复盘，发现很多知识点理解并不深入，想对这些不清晰的知识点重新梳理一下。 一、NormalizeData()归一化 考虑到文库测序深度的影响，我们需要对单细胞counts矩...
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Seurat对象、SingleCellExperiment对象和scanpy对象的转化Seurat官网：https://satijalab.org/seurat/articles/conversion_vignette.html[https://satijal...
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Seurat包之导入单细胞数据方式汇总挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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R-ggplot2-说说绘图中颜色的这点事-应该是比较全的总结篇0. 问题导入 之前绘图的时候，我经常会去RGB颜色对照表[https://tool.oschina.net/commons?type=3]上手动去摘选颜色码，然后手动粘到g...
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生信格式中的0-base与1-base
CheatSheet 首先先放上 0-based 和 1-based 的cheatsheet FormatTypeUCSC Genome Browser tables（USC...
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ATAC-seq ENCODE流程我突然发现我们的超算上有大名顶顶的ENCODE数据库ATAC-seq的分析流程，对于个人而言也可以轻松安装并进行调用[https://github.com/ENCODE-DC...
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三维基因组中的开放染色质互作网络（二）
文章来源：科研圈2018-05-12 北京大学生命科学学院贾璐萌，李亭亭（李程研究组） 上回说到Hi-C更适用于研究大尺Hi度上的染色质结构，而不适用于研究转录调控元件之间的...
