关键词 FindTransferAnchors函数 TransferData函数 细胞类型注释 映射数据集/Transfer 数据集 适用背景 细胞注释的标准一直备受争议，就...
发简信
IP属地：天津
-
利用Seurat包Transfer数据集（FindTransferAnchors和TransferData）2022-6-09 -
太赞了👍
R包hdf5r安装报错
在安装loomR的时候，必须要先安装hdf5r 但是hdf5r 这个包一直安装有问题，GitHub上有一个issue 专门讨论https://github.com/hhoef...
-
R包hdf5r安装报错在安装loomR的时候，必须要先安装hdf5r 但是hdf5r 这个包一直安装有问题，GitHub上有一个issue 专门讨论https://github.com/hhoef...
-
R语言绘图包02--热图pheatmapR语言绘图包系列： R语言绘图包01--优秀的拼图包patchwork[https://www.jianshu.com/p/e57555d48c91] 热图输入的数据是数值型...
-
R可视化之pheatmap绘制聚类热图并导出聚类后基因顺序
100天生信-Day1 热图是很方便的数据可视化方法，很多情景下简单、实用。比如在拿到RNA-seq表达矩阵后大概看一个表达情况，而且可以做个聚类大体了解基因表达模式（当然样...
-
SCTransform：单细胞样本的标准化Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化，并且这一个函数可以代替三个函数（NormalizeData, ScaleData, FindV...
-
单细胞转录组代谢分析-Compass1
目前常用的有三种方法： Compass scFEA scMetabolism: 相当于把KEGG和Reactome里面的代谢相关基因集找出来做类似于AUCell或者GSVA，...
-
如何不使用 plot_pseudotime_heatmap画出热图？首先要明白 plot_pseudotime_heatmap的原理，先调出它的源代码 根据上述代码，总结起来就是，plot_pseudotime_heatmap=matrix+...
-
感谢博主~
Error: 'rBind' is defunct. Since R version 3.2.0, base's rbind() should work fine with S4 objects
Here I find a good solution from https://groups.google.com/g/monocle-3-users/c/tBjYuAxw...
-
Error: 'rBind' is defunct. Since R version 3.2.0, base's rbind() should work fine with S4 objects
Here I find a good solution from https://groups.google.com/g/monocle-3-users/c/tBjYuAxw...
-
10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之时间动力学（sctour）今天呢，分享一个软件，用来分析单细胞的时间动力学，也就是轨迹方面的内容，感觉是一个不错的分析点，分享分享。 分享的文章在scTour: a deep learning arc...
-
10X单细胞（10X空间转录组）聚类分析之树形可视化（TreeCorTreat）hello，今天给大家分享一个很好的可视化软件，使用基于树的相关屏幕来分析和可视化表型和转录组特征以及多个细胞类型分辨率级别的细胞类型之间的关联。文章在Tree-based ...
-
基于mRNA表达表格做信号通路富集图KEGG Bar plot 以bar的颜色和高度体现enrichment scores（比如pvalue），gene counts或者ratio作为bar Dot plot ...
-
单细胞多组差异基因上下调统计热图展示代码示例这样的图是不是很炫酷，网上的代码动不动就几十块钱一个函数，这里给大家分享一个自力更生版的画法。 首先介绍一下这个图的意思。这个图将不同细胞类型的差异基因分上调与下调的展示，每...
-
单细胞数据整合-1：Harmony原理介绍和官网教程1. 原理介绍 官网：https://github.com/immunogenomics/harmony[https://github.com/immunogenomics/...
-
Seurat: ScaleData()
https://satijalab.org/seurat/reference/scaledata[https://satijalab.org/seurat/reference...
-
单细胞seurat包的原理解析seurat涉及的数据分析包括很多步骤。之前只顾着干活儿，也没有系统的整理过分析中的具体内容。这里就参照网上大神们分享的帖子，来梳理一下。 1、读入数据。 这个函数就是根据输...
-
如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27
适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
-
【单细胞】ggplot2美化monocle2轨迹展示结果前面测试过monocle2/3，但是在画图的时候，尤其是用默认软件画图的时候总是觉得不够好看。比如下面这个paper中的数据（https://pubmed.ncbi.nlm....
-
