关键词 FindTransferAnchors函数 TransferData函数 细胞类型注释 映射数据集/Transfer 数据集 适用背景 细胞注释的标准一直备受争议，就...
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利用Seurat包Transfer数据集（FindTransferAnchors和TransferData）2022-6-09 -
R包hdf5r安装报错在安装loomR的时候，必须要先安装hdf5r 但是hdf5r 这个包一直安装有问题，GitHub上有一个issue 专门讨论https://github.com/hhoef...
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R语言绘图包02--热图pheatmapR语言绘图包系列： R语言绘图包01--优秀的拼图包patchwork[https://www.jianshu.com/p/e57555d48c91] 热图输入的数据是数值型...
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R可视化之pheatmap绘制聚类热图并导出聚类后基因顺序
100天生信-Day1 热图是很方便的数据可视化方法，很多情景下简单、实用。比如在拿到RNA-seq表达矩阵后大概看一个表达情况，而且可以做个聚类大体了解基因表达模式（当然样...
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SCTransform：单细胞样本的标准化Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化，并且这一个函数可以代替三个函数（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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单细胞转录组代谢分析-Compass1
目前常用的有三种方法： Compass scFEA scMetabolism: 相当于把KEGG和Reactome里面的代谢相关基因集找出来做类似于AUCell或者GSVA，...
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如何不使用 plot_pseudotime_heatmap画出热图？首先要明白 plot_pseudotime_heatmap的原理，先调出它的源代码 根据上述代码，总结起来就是，plot_pseudotime_heatmap=matrix+...
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Error: 'rBind' is defunct. Since R version 3.2.0, base's rbind() should work fine with S4 objects
Here I find a good solution from https://groups.google.com/g/monocle-3-users/c/tBjYuAxw...
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10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之时间动力学（sctour）今天呢，分享一个软件，用来分析单细胞的时间动力学，也就是轨迹方面的内容，感觉是一个不错的分析点，分享分享。 分享的文章在scTour: a deep learning arc...
