写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。在多次花时间写脚本处理文件之后发现，80%左右的任务其实...
IP属地：广西壮族自治区
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WGS全基因组分析||VCFTOOLS使用
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VCFtools的使用(参数说明)
写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。在多次花时间写脚本处理文件之后发现，80%左右的任务其实...
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【群体结构】Network分析疫情的爆发使得病毒基因组的研究呈现井喷式增长，其中有一部分研究是与进化相关的，病毒从何而来，病毒是否发生了进化等等一系列问题都被大家关注着。这里小Q介绍其中的一种分析--Ne...
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四种获取fasta序列长度的方法在处理fasta序列的时候，我们经常需要获取每一条fasta序列的长度。今天小编就跟大家来分享四种获取fasta序列长度的方法。 一、awk 输出为 二、bioawk 得到的...
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生物技能树--fasta和fastq格式文件的shell小练习这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据： http://ascii.911cha.com/ 做题之前的碎碎念：本来用co...
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SNPs calling流程（GATK4）
SNPs marker是全基因组范围应用广泛的分子标记，本文介绍生态基因组学中利用GATK4软件进行SNPs calling的流程（人的研究中可能略有不同）。以下所有分析过程...
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2021-03-31 为VCF文件建立索引（.idx)
问题背景： 做GWAS分析，对方只提供了具有SNP和indel的vcf文件，需要提取SNP时，提取时去发现，需要对应的索引（.idx) 这种情况下可否不去要求对方提供.idx...
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java内存溢出之Java heap space
作为一个java程序员，大家都应该认识JVM。JVM作为java的核心，实在太重要了。而内存溢出又是程序员常遇到的错误之一，如果你对JVM的原理足够了解，那么解决这样的问题就...
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samtools flagstat 统计结果的理解
比对结束后，需要了解比对结果的情况，可以采用samtools flagstat进行统计samtools flagstat统计bam文件比对后每一个参数的解释如下： 如果有些结...
