一条小咸鱼
IP属地：广西壮族自治区
-
-
WGS全基因组分析||VCFTOOLS使用
写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。在多次花时间写脚本处理文件之后发现，80%左右的任务其实...
-
VCFtools的使用(参数说明)
写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。在多次花时间写脚本处理文件之后发现，80%左右的任务其实...
-
【群体结构】Network分析疫情的爆发使得病毒基因组的研究呈现井喷式增长，其中有一部分研究是与进化相关的，病毒从何而来，病毒是否发生了进化等等一系列问题都被大家关注着。这里小Q介绍其中的一种分析--Ne...
-
四种获取fasta序列长度的方法在处理fasta序列的时候，我们经常需要获取每一条fasta序列的长度。今天小编就跟大家来分享四种获取fasta序列长度的方法。 一、awk 输出为 二、bioawk 得到的...
-
生物技能树--fasta和fastq格式文件的shell小练习这个是有机结合生物信息学的linux和数据格式的练习题：下载bowtie2软件后拿到示例数据： http://ascii.911cha.com/ 做题之前的碎碎念：本来用co...
-
SNPs calling流程（GATK4）
SNPs marker是全基因组范围应用广泛的分子标记，本文介绍生态基因组学中利用GATK4软件进行SNPs calling的流程（人的研究中可能略有不同）。以下所有分析过程...
-
2021-03-31 为VCF文件建立索引（.idx)
问题背景： 做GWAS分析，对方只提供了具有SNP和indel的vcf文件，需要提取SNP时，提取时去发现，需要对应的索引（.idx) 这种情况下可否不去要求对方提供.idx...
-
java内存溢出之Java heap space
作为一个java程序员，大家都应该认识JVM。JVM作为java的核心，实在太重要了。而内存溢出又是程序员常遇到的错误之一，如果你对JVM的原理足够了解，那么解决这样的问题就...
-
samtools flagstat 统计结果的理解
比对结束后，需要了解比对结果的情况，可以采用samtools flagstat进行统计samtools flagstat统计bam文件比对后每一个参数的解释如下： 如果有些结...
-
小麦WGS分析比对率，测序深度，覆盖度，SNPresequencing data analyses 1. mapping 率 2. sequencing depth 第一列尾染色体号；第二列碱基；第三列为碱基上的测序深...
-
测序数据的深度、覆盖度等计算Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段（短读 short reads）“覆盖”的强度有多大？ 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
-
群体遗传学与重测序分析分子层面对生物的研究，在个体水平上主要是看单个基因的变化以及全转录本的变化（RNA-seq）；在对个体的研究的基础上，开始了群体水平的研究。如果说常规的遗传学主要的研究对象是...
-
最漂亮（ iTerm2+oh-my-zsh配色）网上虽然教程很多，但是很多还是不够详细，我总结一篇比较容易安装的图文教程。先展示一下效果图： 一、首先安装iTem2[http://www.iterm2.com/downlo...
-
Mac下终端工具iTerm2安装一、iTerm2简介： Mac OS自带的终端，用起来虽然有些不太方便，界面也不够友好,iTerm2是一款相对比较好用的终端工具.iTerm2常用操作包括主题选择、声明高亮、...
-
WGS实战：从raw reads到vcf实操一个WGS项目，从原始测序数据到比对，再到call变异，以及vcf文件的质控。 软件准备 samtools sratoolskit bcftools htslib（bcf...
-
WGS分析笔记（2）比对+去重 2021-12-28
Step1. 下载参考组序列+建立索引 Index the reference genome 软件：bowtie2 samtools Step2. 比对 软件：bwa 软件：...
