比对结束后，需要了解比对结果的情况，可以采用samtools flagstat进行统计
samtools flagstat统计bam文件比对后每一个参数的解释如下：

14608455 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)     ## reads总数
37967 + 0 secondary                                                                  ##出现比对到参考基因组多个位置的reads数
0 + 0 supplementary                                                                   ##可能存在嵌合的reads数
0 + 0 duplicates                                                                          ##重复的reads数
14590894 + 0 mapped (99.88% : N/A)                                      ##比对到参考基因组上的reads数
14570488 + 0 paired in sequencing                                           ##属于PE read的reads总数。
7285244 + 0 read1                                                                     ##PE read中Read 1 的reads 总数。
7285244 + 0 read2                                                                     ##PE read中Read 2 的reads 总数。
14507068 + 0 properly paired (99.56% : N/A)                            ##完美比对的reads总数。PE两端reads比对到同一条序列，且根据比对结果推断的插入片段大小符合设置的阈值。
14551500 + 0 with itself and mate mapped                                ##PE两端reads都比对上参考序列的reads总数。
1427 + 0 singletons (0.01% : N/A)                                              ##PE两端reads，其中一端比上，另一端没比上的reads总数。
26260 + 0 with mate mapped to a different chr                          ##PE read中，两端分别比对到两条不同的序列的reads总数。
17346 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5)       ##PE read中，两端分别比对到两条不同的序列，且mapQ>=5的reads总数。

如果有些结果全部为0，可以检查一下是否对这些参数进行标记。比如标记重复MarkDuplicates。

参考：
http://www.yunbios.net/Flagstat.html