@decf782bff27 怎么添加‘Sample1_'在细胞barcode前面呢？
使用scVelo进行RNA velocity分析-01scVelo于2020年发表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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这一步在原代码中得怎么改呀？barcodes = [bc[0:len(bc)-1] + '_10' for bc in barcodes]
使用scVelo进行RNA velocity分析-01
scVelo于2020年发表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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# 查看seurat的barcode命名方式，也可以是'Sample1_'
使用scVelo进行RNA velocity分析-01
scVelo于2020年发表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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@RedStones 您好，上面提到的两个问题我都解决了。谢谢。
另外一个问题是：加上cell id后缀。如果我是加前缀的话，那句代码得怎么改呀？barcodes = [bc[0:len(bc)-1] + '-1_1' for bc in barcodes]scVelo 的使用: 从bam和Seurat获取输入数据到画图
1.数据准备 用10x数据做scVelo，输入数据分2部分: Seurat 分析后的数据: 聚类、基因、细胞信息。 velocyto run 输出的loom文件，记录 spl...
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你好，我两个数据集（人肾癌）transfer的时候基因数目也是不一样的，但是过程没报错，这应该可以吧？
利用Seurat包Transfer数据集（FindTransferAnchors和TransferData）2022-6-09
关键词 FindTransferAnchors函数 TransferData函数 细胞类型注释 映射数据集/Transfer 数据集 适用背景 细胞注释的标准一直备受争议，就...
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另外就是作者您提到的“包装好的函数如下: 半成品，因为函数第一行需要获取的是细胞和bam文件的编号”，bam文件在前面获得barcode.tsv的时候需要用到嘛？我看函数里面没有用到bam文件呢
scVelo 的使用: 从bam和Seurat获取输入数据到画图
1.数据准备 用10x数据做scVelo，输入数据分2部分: Seurat 分析后的数据: 聚类、基因、细胞信息。 velocyto run 输出的loom文件，记录 spl...
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@RedStones 是不是只要提供那个barcodes.tsv 进去跑的话，就不会对bam文件进行全部细胞的分析，只会按照提供的barcodes.tsv进行分析，从而加快运行速度？
scVelo 的使用: 从bam和Seurat获取输入数据到画图
1.数据准备 用10x数据做scVelo，输入数据分2部分: Seurat 分析后的数据: 聚类、基因、细胞信息。 velocyto run 输出的loom文件，记录 spl...
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使用scVelo进行RNA velocity分析-01scVelo于2020年发表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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scObj_nue 这个是什么？是metadata吗
scVelo 的使用: 从bam和Seurat获取输入数据到画图
1.数据准备 用10x数据做scVelo，输入数据分2部分: Seurat 分析后的数据: 聚类、基因、细胞信息。 velocyto run 输出的loom文件，记录 spl...
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优雅地做一名极客
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RNA velocity分析练习（一）文件下载以及预处理目前有多种方法可以进行RNA velocity的分析： scVelo（参考文章：单细胞转录组数据分析|| scVelo 教程：RNA速率分析工具） velocyto （官网:...
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@汪汪队队长_莱德 老师您好。按照上述的版本安装后，我的cistarget这一步可以跑了，但是日志提醒在做Calculating regulons的时候，每次都没到100%completed的时候，就终止然后提示pyarrow.lib.ArrowInvalid: File is too small to be a well-formed file。这是为什么？谢谢！
SCENIC-转录因子分析
今天写一篇关于单细胞转录因子的分析-scenic在做分析之前你应该看一下这篇文献，看看别人做了什么scenic分析《Single-cell RNA sequencing hi...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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暂别简书，后会有期
我不是老师，也不是大神，更不是前辈。我只是个普通的科研工作者，一个只想努力变得更好的人。 来到简书快3年了，期间写了不少的笔记。很多的笔记是在疫情严重时wfh的时候写的。至今...
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@汪汪队队长_莱德 老师您说的是这个吧 pip install pyscenic=0.11.1。 这一步我跑的时候老是报错。原来是要改成 pip install pyscenic==0.11.1。谢谢老师提醒！我再试一试
SCENIC-转录因子分析
今天写一篇关于单细胞转录因子的分析-scenic在做分析之前你应该看一下这篇文献，看看别人做了什么scenic分析《Single-cell RNA sequencing hi...
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老师您好，我在跑cistarget这个步骤的时候，linux报错：ValueError: "hg19-tss-centered-10kb-7species.mc9nr.feather" is a cisTarget Feather database in Feather v1 format, which is not supported anymore. Convert them with "convert_cistarget_databases_v1_to_v2.py" (https://github.com/aertslab/create_cisTarget_databases/) to Feather v2 format. 这个得怎么办呢？
SCENIC-转录因子分析
今天写一篇关于单细胞转录因子的分析-scenic在做分析之前你应该看一下这篇文献，看看别人做了什么scenic分析《Single-cell RNA sequencing hi...
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单细胞之轨迹分析-1：RNA velocityRNA velocity原理此前已经介绍过，参考单细胞测序的轨迹推断[https://www.jianshu.com/p/83c532234dc0]。 1. loom文件准备...
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