森言森语 眼看着十一月又到中旬，时间是过得真快。一个多月没怎么写东西了，实际上是有些懒。 这不马上就要开题论证了，听说定量是最受学生喜爱的实验了。 于是我也准备赶在开题之前在...
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批量设计qPCR引物，可最大限度满足qPCR引物设计的黄金法则 -
qPCR引物设计与验证引物设计是 qPCR[https://www.biomart.cn/supply/10010115.htm] 非常重要的环节。今天小编给大家推荐 2 款简单实用的在线 qPC...
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使用TBtools提取基因组CDS并转换成蛋白文件基因功能注释需要蛋白文件，有时候注释或下载的基因组没有蛋白文件，需提取并转换，据师兄师弟说gffread提取结果有问题，可能造成移码等，因此使用TBtools进行提取并转...
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Window下如何下载SRA数据跑DADA2流程由于没有服务器，只能自己捣鼓着用windows的cmd命令行来批量下载一些数据，但是windows下高通量测序数据（如sra）下载体验真的很差，没办法，只能硬着头皮去搞 一、...
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如何下载sra数据，转化fastq进行分析
前言 本文分享如何从NCBI数据库下载我们需要的数据，进行我们自己的数据分析。该过程的思路相对清晰，主要需要完成以下三个步骤。 1. SRA ID 号查询 1.1. 我们需要...
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RPKM、FPKM、TPM详解
简写 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百万映射读取的rea...
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[实战1] Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymerase II variant, and regulates me...写在前面：参考-# 给学徒ChIP-seq数据处理流程[https://www.jianshu.com/p/1384173c353b] 目录软件安装[https://www....
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实用！便携且高效 去除 基因组序列和注释 碎片写在前面 目前，有大量物种的基因组序列和注释信息公布。几乎所有科研人员都可以下载并使用这些数据，分析和验证自己的科研假设。常常，我们会遇到一些小问题，比如基因组序列文件中包含...
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物种间共线性circos——作图步骤早先写过，但是有不少朋友还是在后台留言，无法完全重复。我仔细看了之后发现，的确是我在有些细节上写的不够详细。但是不想去完善了。毕竟tbtools的实现逻辑已经很简单了。 那就...
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「TBtools」提取的 CDS 序列 ID 很复杂，怎么办？写在前面 做生信数据分析时，最常遇到的问题，仍然是文本处理。主要原因简单，我们永远不知道上一个人会给我们什么样的东西，而我们要的又常常不是他们给的。基于 GFF 提取 CDS...
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非生物胁迫专题——从实验设计到文章写作多组学研究思路以及写作 非生物胁迫 类型干旱胁迫、盐胁迫、低温胁迫、高光/UV-B胁迫、高温、重金属、机械损伤、营养缺乏等 影响地理分布、产量、粮食安全 大牛朱健康、巩志忠、...
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生信步骤｜MAFFT结合HMMER进行多序列比对和基于隐马模型的基因搜索蛋白质都是由相似的小型结构域组成的。如果我们有若干个已知的蛋白序列，那我们就可以根据这些蛋白序列比较其含有的保守域，寻找在蛋白数据库中上是否也有一样保守域的蛋白。而后根据统计...
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基因家族分析(1) 基因家族成员的鉴定
最近有小伙伴问为怎么多快好省的发个论文顺利毕业，作为生物圈里的当事人当然推荐基因家族分析了，于是乎准备整理这一系列文档。在本文档中我主要侧重于后续的数据可视化，因为物种不同数...
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实时荧光定量PCR实验步骤
1、样品RNA的抽提 ①取冻存已裂解的细胞，室温放置5分钟使其完全溶解。 ②两相分离 每1ml的TRIZOL试剂裂解的样品中加入0.2ml的氯仿，盖紧管盖。手动剧烈振荡管体1...
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细胞RNA提取的操作步骤
操作步骤 （请自行准备无水乙醇、异丙醇、灭菌 1.5mL 离心管） ： 1. 取出洗涤液，按以下操作： a) 洗涤液 A：按终浓度 30%比例加入无水乙醇，如 7mL 加入 ...
