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    格物致知——卷积

    对于空间转录组分析过程中的反卷积,已经是耳熟能详了,但是对于正真理解卷积这个词,还是存在一些距离,本身也是学习的态度去进行了检索,正所谓众里寻他...

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    单细胞利用机器学习筛选重要基因

    本文尝试利用机器学习模型中对特征值的筛选方法,来筛选单细胞中不同亚型中关键的gene。 1. 数据获取: 为方便我们从单细胞分析seurat对象...

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    单细胞与GWAS数据的联合分析

    复杂性状的细胞类型表达特异性整合(CELLECT)是一个计算工具包,用于识别复杂性状潜在的可能病因细胞类型。CELLECT利用现有的遗传优先级模...

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    空间转录组分析-scanpy浅析

    前言 本文尝试粗浅了解scanpy模块在空间转录组分析过程中,简单的标准流程以及数据在源码的调用过程中进行的传递,以及封装下的底层函数的调用对象...

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    空间转录组平台

    为什么选择空间转录组 1. 单细胞转录组分析局限性 实验组织要求分离完整且存活,导致一些研究对象被该技术拒之门外。 细胞分离过程中的应激,死亡,...

  • scRNA差异分析

    前言 Seurat 包为我们的scRNA分析提供了三种进行差异分析的函数,并给到了我们它们不同的使用状态,了解它们设定的不同目的,可以帮助我们...

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    单细胞转录调控分析-SCENIC

    1 简介: 转录因子 (transcription factors, TFs) 是与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ,调控DNA转...

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    单细胞互作分析-cellphonedb

    前言: 大家好,今天我们一起学习一下如何利用CellphoneDB对单细胞分析结果进行互作分析,当前CellphoneDB的最新版本是4.0.0...

  • 如何下载sra数据,转化fastq进行分析

    前言 本文分享如何从NCBI数据库下载我们需要的数据,进行我们自己的数据分析。该过程的思路相对清晰,主要需要完成以下三个步骤。 1. SRA I...