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一文读懂R语言corrplot相关热图分析及美化！！！（附图详解，建议收藏）
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CRISPR/Cas9 设计sgRNACRISPR/Cas9 系统作为细菌和古细菌的获得性免疫系统， 通过 RNA 介导特异性的切割外源遗传物质， 用以对抗入侵的病毒和质粒。利用 Cas9 来摧毁入侵 DNA 的...
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基因长度并不是end-start需求 tpm、fpkm这样的数据，计算公式里都有“基因有效长度”，有些地方直接叫基因长度。之前计算这些，都是采用最快的方式—找豆豆。今天想要把这部分逐渐加到课程里，我就必须要...
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OS/PFS/DFS/DSS各种生存指标傻傻分不清
各种生存分析-傻傻分不清 作者：白介素2 OS 总体生存期： Overall Survival 定义： 结局指标是死亡时间，这个死亡是任何原因导致的死亡都算进去，只关心是否死...
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一种ceRNA关系网络的新颖画法，R语言绘制冲击图（桑基图）教程在ceRNA相关的研究中，例如circRNA-miRNA-mRNA，或者lncRNA-miRNA-mRNA的靶向关系图谱，一般通过网络图呈现。首先可以肯定的是，网络图是一种清...
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如何实现GSEA-基因富集分析？基因富集分析（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）是一种针对全基因组表达谱芯片数据的分析方法，将基因与预定义的基因集进行比较。即综合现有的对基...
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ENCORI database 批量查找miRNA作用的靶基因starbase(ENCORI) database网址[http://starbase.sysu.edu.cn/index.php] 数据库的简单介绍可以看下知乎这个视频 知...
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虎年大吉！TBtools 打工人返工了！
Emmm.... 去年12月份，黎老板说除夕给大伙特供「TBtools」虎年大吉开机动画~当时的说法是“构思都有了，放假回家，抽空再画”.....然后从除夕开始鸽，一天两天三...
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limma 差异分析透彻讲解基因表达差异分析是我们做转录组最关键根本的一步，edgeR+limma是目前最为推荐的方式。本文结合示例数据，将对这个过程进行梳理，让你明白limma包的why，what，h...
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GEO数据挖掘-使用GEOquery包
健明大神说过若是想学会使用R包，就去看那个包的说明书，因此去学习了GEOquery包说明书。翻译不当之处请去看原文。文章来源：http://www.bioconductor....
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SRA数据(2)------SRA数据处理
上次分享我们通过两种方式下载得到了SRA数据，今天就开始对SRA进行处理（以SRR5489805为例）。SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代...
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NCBI批量下载SRA文件并用SRA Toolkit提取Fastq文件准备工作：先下载安装IDM（百度：internet download manager，收费软件，有绿色汉化版），IDM支持断点续传和多线程，并且可以自建下载队列批量下载，非常...
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单/多个基因在组间同时展示的多种选择：分组小提琴图、分组/分面柱状图、单基因蜂群点图拼图绘制这是ggplot2可视化专题的第二个实例操作 【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录 【ggplot2绘图具体...
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Matplotlib：给子图添加colorbar（颜色条或渐变色条）描述 当我们给图配渐变色时，常常需要在图旁边把colorbar显示出来，这里记一下当有多个子图时如何显示colorbar 操作 以下操作均在Jupyter notebook中...
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赠你一只金色的眼 - 富集分析和表达数据可视化
GOplot包介绍 GOplot包用于生物数据的可视化。更确切地说，该包将表达数据与功能分析的结果整合并进行可视化。但是要注意该包不能用于执行这些分析，只能把分析结果进行可视...
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ggplot2图例设置ggplot2对图例的设置主要为guides()功能下的guide_colorbar()和guide_legend()两个函数： guide_colorbar()函数内部函数...
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ggplot2绘制带有标准差图ggplot2-为折线图和条形图添加误差线 以ToothGrowth数据为例,进行处理 tg <- ToothGrowth head(tg) library(ggplot2)...
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SVG矢量图导入PPT文字缺失解决办法. SVG(Scalable Vector Graphics）:意为可缩放的矢量图形。 . 矢量图：也称为面向对象的图像或绘图图像，在数学上定义为一系列由线连接的点。说人话就...
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如何下载TCGA数据/TCGA数据下载小教程1. 什么是TCGA？TCGA中有哪些数据？ TCGA的全称是The Cancer Genome Atlas, 这个项目始于2005年，它旨在使用基因测序和生物信息学编目与癌...
