今天分享的学习笔记是一套转录组分析简单流程，适用于初学者入门阅读，从原始测序数据开始，经过质控、序列比对、定量表达、差异表达、功能富集等一系列分析步骤，最终获得基因表达信息。...
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RNA-seq转录组数据分析丨一套完整的案例流程
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基因家族分析保姆级教程（分子进化）-生信小白自学之路（一）一、基因家族基础知识与研究思路介绍 1.基因家族简介 基因是染色体上一段可以发生转录的区域（内含子外显子启动子）。转录本才是基因的研究实体，转录本transcript（别名 ...
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连锁不平衡分数回归 LD score regression -LDSC
什么是LD score? SNP j的LD score可以被定义为该SNP与一定范围内其他SNP的r2之和。 LD score 衡量了该SNP标记的遗传变异性的大小。 为什么...
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admixture 群体结构分析
群体遗传学中测的很多个个体，得到了最终的SNP vcf文件，需要将其分成群体，看那几个物种聚在一起，一般使用的软件就是STRUCTURE， 但是STREUTURE运行速度极慢...
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Haploview软件使用-连锁不平衡分析
当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，就称这两个座位处于连锁不平衡的状态。目前，连锁不平衡分析...
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10.GWAS：LD decay(LD衰减）—— PopLDdecay关于连锁不平衡的详细介绍在之前的帖子里有说过，这里就不再赘述，本篇主要介绍LD decay的计算。1.GWAS：原理与目的 - 简书 (jianshu.com)[https:...
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GATK4 SelectVariants ——vcf文件提取SNP和indel
在生成raw vcf后，进行SNP和indel提取，便于后续分析。GATK4——gVCF转VCF - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu...
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GATK-4.2.1.0的下载安装和conda的使用
1.下载最新安装包 2021.08.06对应的最新版本的是4.2.1.0，下载网址：https://github.com/broadinstitute/gatk/releas...
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vcftools安装及基础用法
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，功能非常强大，而且运算速度也很快。 1.下载及安装 1.1 下载地址 http://vcftool...
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GWAS理论 1-2 表型考察处理与标记开发和分型一、表型鉴定与记录的基本原则和原始数据处理 基因型分型基因型分型（英语：genotyping）是一个通过生物检定法检测某一个体的DNA序列，并对比参照其他个体的基因型或序列的...
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【GWAS】GAPIT使用教程
GAPIT（genome association and prediction integrated tool）华盛顿大学等于 2012 年开发的软件（软件主页：http:/...
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跑通GWAS，用这些脚本就够了最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，虽然具体还有好多需要微调的地方，先把代码整理分享出来mark一下 前期准备 1.理论知识 强烈推荐百迈客云课堂课程GWAS生...
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GWAS全基因组关联分析工具GAPIT最新版的安装教程与报错解决方案GWAS工具GAPIT最新版 本篇笔记主要内容是GWAS分析软件GAPIT最新版的安装和使用教程，包括常见的报错以及解决方案，主要出错位置在LDheatmap、stringi...
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GWAS分析（R包GAPIT）之一（相关包的安装）
1.1 Linux下指定R包的安装路径 export R_LIBS_USER = /your/path/source ~/.bashrc 1.2 安装相关包 利用 BiocM...
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ggpubr、nloptr包安装失败的解决方案——升级cmake至3版本
问题 在服务器的R中安装ggpubr包失败，查看报错日志发现，依赖的nloptr包安装失败。但单独安装nloptr仍然失败。 解决过程 1. 在服务器上安装nlopt（注意不...
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R语言安装包时遇到的坑
写在前面 安装R包报错的问题从一开始学生信就一直存在着，但是没有专门整理一下，前两天安装 CHIPseeker 的时候实在受不了了，因为碰见了好多坑，于是在这里专门整理一下，...
