今天分享的学习笔记是一套转录组分析简单流程，适用于初学者入门阅读，从原始测序数据开始，经过质控、序列比对、定量表达、差异表达、功能富集等一系列分析步骤，最终获得基因表达信息。...
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RNA-seq转录组数据分析丨一套完整的案例流程
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基因家族分析保姆级教程（分子进化）-生信小白自学之路（一）一、基因家族基础知识与研究思路介绍 1.基因家族简介 基因是染色体上一段可以发生转录的区域（内含子外显子启动子）。转录本才是基因的研究实体，转录本transcript（别名 ...
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连锁不平衡分数回归 LD score regression -LDSC
什么是LD score? SNP j的LD score可以被定义为该SNP与一定范围内其他SNP的r2之和。 LD score 衡量了该SNP标记的遗传变异性的大小。 为什么...
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admixture 群体结构分析
群体遗传学中测的很多个个体，得到了最终的SNP vcf文件，需要将其分成群体，看那几个物种聚在一起，一般使用的软件就是STRUCTURE， 但是STREUTURE运行速度极慢...
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Haploview软件使用-连锁不平衡分析
当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，就称这两个座位处于连锁不平衡的状态。目前，连锁不平衡分析...
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10.GWAS：LD decay(LD衰减）—— PopLDdecay关于连锁不平衡的详细介绍在之前的帖子里有说过，这里就不再赘述，本篇主要介绍LD decay的计算。1.GWAS：原理与目的 - 简书 (jianshu.com)[https:...
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GATK4 SelectVariants ——vcf文件提取SNP和indel
在生成raw vcf后，进行SNP和indel提取，便于后续分析。GATK4——gVCF转VCF - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu...
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GATK-4.2.1.0的下载安装和conda的使用
1.下载最新安装包 2021.08.06对应的最新版本的是4.2.1.0，下载网址：https://github.com/broadinstitute/gatk/releas...
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vcftools安装及基础用法
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，功能非常强大，而且运算速度也很快。 1.下载及安装 1.1 下载地址 http://vcftool...
