中午到老友家吃饭，晚上和朋友去西园吃饭，都聊了两三个小时。知道我的人可能多少有了解，我个人是非常享受边吃饭边聊天，尤其是慢慢聊，随便聊的时间。所以，今天原本我心情挺好。多少也...
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停止公益 | RNAseq系列所有插件重新启动授权要求 -
MAFFT 7.0使用说明
标签：生信分析，系统发育，序列比对 前言：MAFFT做多序列比对的精确度是目前公认最高的，需要调节的参数比较少，其中最重要的是比对策略的选取，其他参数选择默认问题不大。本文从...
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系统发育树外群的选择问题
标签：生信分析，系统发育，外群 大多数的种系发生重建方法会产生无根树，并且观察树的拓扑结构无法识别树根应在哪一分支上。事实上，对要证实哪一个分类操作单元的分支先于其他的分类操...
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Beast v1.8简易手册
Beast是用来进行贝叶斯MCMC分析的一系列合集软件，其主要组成程序有BEAUti、BEAST、Tracer、TreeAnnotator、FigTree，这几个软件的组...
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如何简单上手序列突变分析？无论是小尺度（少量）的序列集，还是大尺度（大量）的序列集，无论是基因片段的突变分析，还是全基因组的突变分析。 又或者，序列为非编码基因，或非编码基因+编码基因，或单纯的编码基...
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使用BioAider快速生成核苷酸+氨基酸序列同一性矩阵在进行序列分析时，难免要做一张序列两两比较的同一性（大致和相似性差不多）表，比如下面这样的： 单一核苷酸或者氨基酸序列同一性表比较好办，可以通过Geneious （付费软件）...
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R数据可视化21:Edge Bundling图N久没有更新了，最近一段时间有点繁忙。今天，一起来学习一下一个和Circo图差不多的图：Edge Bunding图（不知道中文咋翻译）。其实在我看来都只是不同形式的网络图。 ...
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查找核苷酸或氨基酸序列中的重复基序（重复片段）很多时候，我们需要寻找或者筛选某条序列中存在的重复片段，同时我们事先也不知道有哪些重复片段，以及它们的长度。 相比与其他软件，我更喜欢BioAider里的这个简洁的寻找重复片...
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Endnote插文献-怎样达到发表级？今天花了8个番茄时钟整理文章中的参考文献部分，总算弄到发表级别的了。呵呵呵。 软件：Endnotex7 系统：MacOS Step 1 找到杂志社的endnote模版 1. ...
