SNP过滤要进行LD过滤，本文用plink进行LD过滤。版本：PLINK v1.90b7 64-bit (16 Jan 2023) 一、染色体格式转换和添加ID列 plink...
IP属地：湖南
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plink 进行LD过滤 -
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每天都要上班
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群体杂交渐渗基因流软件基因型填充 - fillGenotype - beagle 基因型填充(Genotype-Imputation)：从原理到操作 - 知乎 (zhihu.com)[https:...
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GeoDa莫兰指数、局部莫兰指数的生成及制图莫兰指数具体分为全局莫兰指数（Global Moran's I）和局部莫兰指数（Local Moran's I）两种，是用来测算空间关系的一种相关系数值。实际研究过程中，通常...
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安装BUSCO和简单使用
BUSCO的主页 https://busco.ezlab.org/[https://busco.ezlab.org/] 直接选择conda安装了 报了很多错 暂时不清楚是什么...
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跟着Nature Communications学作图:R语言ggplot2画世界地图并用md语法添加文字标签论文 MiDAS 4: A global catalogue of full-length 16S rRNA gene sequences and taxonomy for ...
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GATK4——gVCF转VCF
gVCF文件生成：GATK4 —— Variant Calling （SNP+indel） - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.co...
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SNPs calling流程（GATK4）
SNPs marker是全基因组范围应用广泛的分子标记，本文介绍生态基因组学中利用GATK4软件进行SNPs calling的流程（人的研究中可能略有不同）。以下所有分析过程...
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GATK4流程学习之RNA-Seq variant calling(SNP+INDEL)GATK4流程学习之背景知识与前期准备 - 简书[https://www.jianshu.com/p/97e803755fa6]GATK4流程学习之DNA-Seq varia...
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「群体遗传学实战」第三课: 如何对SNP位点进行过滤
往期教程 「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释 「群体遗传学实战」第二课: 画出和文章几乎一样的PCA图 SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况，一种是仅根据位点质...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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GATK4流程学习之DNA-Seq variant calling(Germline：SNP+INDEL)GATK4流程学习之背景知识与前期准备 - 简书[https://www.jianshu.com/p/97e803755fa6]GATK4流程学习之DNA-Seq varia...
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GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同，更加趋于流程化。 软件安装 下载GATK 目前最新版是4.1.9.0 全部的版本链接在：https://github.com...
