BUSCO的主页 https://busco.ezlab.org/[https://busco.ezlab.org/] 直接选择conda安装了 报了很多错 暂时不清楚是什么...
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论文 MiDAS 4: A global catalogue of full-length 16S rRNA gene sequences and taxonomy for ...
gVCF文件生成:GATK4 —— Variant Calling (SNP+indel) - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.co...
SNPs marker是全基因组范围应用广泛的分子标记,本文介绍生态基因组学中利用GATK4软件进行SNPs calling的流程(人的研究中可能略有不同)。以下所有分析过程...
GATK4流程学习之背景知识与前期准备 - 简书[https://www.jianshu.com/p/97e803755fa6]GATK4流程学习之DNA-Seq varia...
往期教程 「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释 「群体遗传学实战」第二课: 画出和文章几乎一样的PCA图 SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况,一种是仅根据位点质...
GATK4流程学习之背景知识与前期准备 - 简书[https://www.jianshu.com/p/97e803755fa6]GATK4流程学习之DNA-Seq varia...
GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化。 软件安装 下载GATK 目前最新版是4.1.9.0 全部的版本链接在:https://github.com...
昨天看了gatk的官网,从2018年发布正式版的4.0.0开始,到现在已经更新到4.1.8,在速度和准确度上都有了大幅的提升。gatk4除了整合picard软件之外,在使用上...
vcftools是用来处理vcf和bcf文件的工具集,功能涵盖了过滤,数据格式转换,一些指标的统计计算,vcf文件之间变异信息的差异比较等等。 1.基本用法 2.使用 官网提...
在用于存储reads比对结果的SAM/BAM格式提出之后(2009年),用于存储变异检测结果的格式VCF( variant call format )也被提出(2010年),...
继续上一节课教程的下半节,继续介绍一些其他过滤SNP的工具,欢迎大家跟着学习。 从现在开始,过滤步骤假定vcf文件是由FreeBayes生成的。(但是其他的vcf也是类似的,...