笔记内容：由二代测序产生的序列数据（.fastq）到OTU table， 距离矩阵，物种多样性指数，序列的进化树及物种注释信息的可分析数据，为常规分析流程。可以使用usear...
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微生物组16S rRNA数据分析小结：从OTU table到marker物种 -
基于R语言的微生物群落组成多样性分析——CCA分析之前文章中我们讲到过冗余分析（redundancy analysis, RDA），今天我们来讲另一种分析——典范对应分析（canonical corresponden...
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2021-08-20 安装picrust21、下载最新版picrust2，并放入文件夹中https://anaconda.org/bioconda/picrust2[https://anaconda.org/bioc...
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当你用setwd的时候，能考虑一下Rproject的感受吗
我在线下课程中讲过，R语言文件读取只有一个报错，就是： 传统的R语言书和课程里会讲，setwd（）这个命令是设置工作目录用的，所谓工作目录就是图片导出、脚本保存、数据读取的默...
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2021-07-18 win10系统安装WSL\Conda\QIIME21、适用于 Linux 的 Windows 子系统安装 (1) 参考官方教程进行安装[https://docs.microsoft.com/zh-cn/windows/wsl...
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ANI AAI TETRA Mash比较基因组导读 比较平均核酸一致性average nucleotide identity（ANI）和氨基酸一致性amino acid identity（AAI）是比较基因组常用的两种基...
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5-【ANI、AAI、dDDH】的安装和使用（2021.2.4）
安装时间：2021.2.4 1. 简介 目前原核生物常用的分的界定标准有三种，包括基因组之间的平均氨基酸均一性（Average Nucleotide Identity, AN...
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666 解决问题
有道云笔记网页剪报 Chrome插件-登录问题
问题描述：Chrome 网页剪报收藏笔记每次都需要登录且剪报收藏失败报错登录后，再点击收藏时报如下错误：{canTryAgain: false,scope: "SECURIT...
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有道云笔记网页剪报 Chrome插件-登录问题问题描述：Chrome 网页剪报收藏笔记每次都需要登录且剪报收藏失败报错登录后，再点击收藏时报如下错误：{canTryAgain: false,scope: "SECURIT...
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使用Windows做生信 | WSL生信分析环境搭建
以前联系linux都是安装虚拟机，不过现在微软发布了Windows子系统（WSL），使我们可以非常方便地获得linux环境，进行联系甚至用于实际的工作和生产中。下面，就让我们...
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更新R version 4.0.0 后安装配置Rtools（第一次发帖，任何问题请见谅，后续会不断改进） 1. R 4.0.0的更新 采用《R语言实战》第2版附录中的方法更新，即安装“installr”包进行更新。 会自动弹出镜像选...
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ggplot2——坐标系篇初始图样： 如何修改坐标轴的显示范围： 如何修改坐标轴的标签（内容、大小、字体、颜色、加粗、位置、角度）： 如何修改坐标轴的刻度标签（内容）： 如何修改坐标轴的刻度标签（大小...
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qRT-PCR 计算公式2–ΔΔCT (Livak) 方法当我们做到荧光定量实验时候，普遍采用操作简便的2–ΔΔCT 法。 前提条件： 1. 使用2–ΔΔCT 法之前，必须验证目标基因和参照基因的扩增效率。目标基因和参照基因扩增效率...
