已有的工具如circos, 只能绘制弯的染色体，又如R包chromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在线工具Idiographica，虽然能绘制直的...
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RIdeogram：染色体数据可视化的R包 -
序列比对软件 MUMmer 高级使用（二）
快速上手的话见上一篇，这篇详细介绍一下 MUMmer 4 软件下 nucmer 程序的详细参数。 序列比对软件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.jian...
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选择清除分析软件XP-CLR的安装折腾之路1. 原版 安装比较简单。 直接运行bin下的XPCLR即可，若不能运行，则编译下： 原版分析时准备文件过程较为繁琐，因此更建议使用Python版。 2. Python版本 ...
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自然杂交研究中有关漸渗和基因流的软件2021-08-05
(1)Migrate-n （2)BayesASS3 (3)NewHybrids (4)parallelnewhybrid (5)introgress (6)ABBA-BABA...
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使用GEMMA进行复杂性状全基因组关联分析(GWAS)GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合线性模型的GWAS分析软件（文献信息...
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10.GWAS：LD decay(LD衰减）—— PopLDdecay关于连锁不平衡的详细介绍在之前的帖子里有说过，这里就不再赘述，本篇主要介绍LD decay的计算。1.GWAS：原理与目的 - 简书 (jianshu.com)[https:...
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TRF (Tandem Repeat Finder) 搜寻串联重复序列官网：http://tandem.bu.edu/trf/trf.html[http://tandem.bu.edu/trf/trf.html] 一、安装 conda一键安装 ...
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利用氨基酸计算mcmc分化时间1. 多序列比对文件转phylip 树文件，在orthofinder下面由物种树直接拷贝，删除枝长。 3.修改ctl文件 4. 运行第一次mcmc，生成out.BV，利用co...
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插件 | 基于序列的 T2T 基因组的着丝粒区域自动判断写在前面 Emmm，基因组组装质量的评估标准有很多，伴随着测序技术的飞速发展，尤其是 pacbio hifi 和 nanopore，现在越来越多基因组可以组装到 T2T 水平...
