1 什么是motif分析 在DNA或蛋白的同源序列中，不同位点的保守程度是不一样的，一般来说，对DNA或蛋白质功能和结构影响比较大的位点会比较保守，其它位点则不是很保守。这些...
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motif分析-MEME
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awk 从放弃到入门
接触awk已经一年了，还是有很多命令搞不懂但是这个作者的讲解是真的详细清楚，我这种不太聪明的都能看明白，真的通俗易懂讲了一系列awk的命令，看完入门肯定是没问题，脚本中的aw...
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最全Bedtools使用说明--只看本文就够了1 Bedtools:一个强大的基因组算法工具集 Bedtools是由犹他大学昆兰实验室开发的基因组算法工具集，它堪称是基因组分析工具中的瑞士军刀。Bedtools可以对基因...
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读莫言的《晚熟的人》今天看了莫言《晚熟的人》 作家莫言在《晚熟的人》一书中，曾说过这样一段话：本性善良的人都晚熟，他们不是想成熟，而是被恶人催熟的，后面虽然开窍了，但仍然保持一片赤诚。他们不断地...
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awk从放弃到入门（1）：awk基础 （通俗易懂，快进来看）
我们先来用专业的术语描述一下awk是什么，如果你看不懂，没关系，我们会再用"大白话"解释一遍。 awk是一个报告生成器，它拥有强大的文本格式化的能力，这就是专业的说法。 你可...
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LAI: 评估基因组质量一个标准
基因组组装完成之后，就需要对最后的质量进行评估。我们希望得到的contig文件中，每个contig都能足够的长，能够有一个完整的基因结构，归纳一下就是3C原则: 连续性(Co...
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GC shew 和 GC bias 2020-05-07
GC bias describes the relationship between GC content and read coverage across a genome...
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入门必看 | 深度解析长末端重复反转录转座子（LTR-RTs）提起 LTR，相信很多人和我之前一样都是熟悉又陌生的感觉，听过或者接触过却未深入了解过。若您对 LTR 分析有兴趣，却苦于无从下手时，愿本文作为一个叩门砖，为您敲开 LTR ...
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这或许是我写的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
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linux下 各种解压文件使用方法
.xz .tar .gz .tar.gz 和 .tgz .bz2 .tar.bz2 .bz .tar.bz .Z .tar.Z .zip .rar .lha .rpm .de...
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KEGG是什么：快速了解KEGG我们有时候很关心基因所在的pathway、上下调控以及一堆基因富集到的pathway，再或者同源基因等信息，KEGG数据库也算是目前（注释）常用的明星数据库 KEGG：京都基...
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转录组入门（5）： 序列比对欢迎来GitHub上fork，一起进步： https://github.com/xuzhougeng 比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisa...
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RNA-seq(5):序列比对：Hisat2比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2(官网https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析谈论到直系同源基因分析的时候，大部分教程都是介绍OrthoMCL，这是2003年发表的一个工具，目前的引用次数已经达到了3000多，但这个软件似乎在2013年之后就不在更新，...
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Orthofinder运行结果文件解读OrthoFinder结果文件 运行标准OrthoFinder会产生一系列文件：直系同源组、直系同源、基因树、物种树、基因复制事件、比较基因组学数据。结果文件在所分析物种的....
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生信分析软件总结合集
持续更新中EDTA：TE 注释工具。是一个可以从头注释全基因组中的TE并且评估已有TE库注释优劣的工具包。该工具的主要步骤是过滤掉原始TE中注释错误的，从而注释出全基因组中较...
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同农转生信的小硕，加油！为你也为我。
生物基础知识-CDS、ORF、启动子、终止子、转录因子、UTR
刘小泽写于2020.2.8大概回顾一下基础知识 一：ORF与CDS ORF：open reading frame（开放阅读框） 它是理论上的蛋白编码区，一般是先在DNA序列中...
