发简信
IP属地：江苏
-
-
GO注释结果整理对于非模式生物或者无参考基因组的项目，经常需要进行基因的功能注释，而GO注释是基因功能注释的重要部分。有很多软件能够获得GO注释的信息，例如interproscan、eggn...
-
构建ncbi——nr本地库网上方案都是用ncbi-blast+程序包的updata_blastdb.pl自动下载，然而我下了两天，一直断···被逼无奈下，我只能用wget命令通过FTP地址去下载了 先...
-
-
ggplot2绘制KEGG富集散点图散点图是 KEGG 富集分析结果的图形化展示方式。在此图中，KEGG 富集程度通过 rich factor, qvalue 和富集到此通路上的基因个数来衡量。其中 rich ...
-
如何用基因组绘制代谢通路？只有基因组，想画一个代谢图，折腾了好几天，最后发现仔细看官网文档是最快的，网页搜到的很少有详细讲解的，大多都是只讲一个部分，所以老老实实看官网是最快的。当然若是能检索到中文的...
-
富集分析结果里的entrezid太难读了，能不能直接转换为symbol？
0.准备工作 实在懒得写R包安装代码，自己搞定一下哦~ 1.KEGG富集分析 KEGG富集分析可以用enrichKEGG很方便地完成： 富集分析的输出结果是一个enrichR...
-
"如果是从gene name转为gene ID的话，fromType和toType分别设定为SYMBOL和ENSEMBL。反之亦然",那请问怎么从gene id转为ensembl id呢？谢谢！
gene name和gene ID之间的转换
在实际应用中，我们经常需要在gene name和gene ID之间进行转换。当需要处理的基因数量很少时，我们可以直接从NCBI(https://www.ncbi.nlm.ni...
-
使用ggplot2个性化绘制GO富集分析柱状图好久没更新了 今天就更新一波，今天的主题是如何使用ggplot2个性化绘制GO富集分析柱状图。进入正题,为什么选择利用ggplot做图，而没用clusterProfiler自...
-
R包goseq的GO富集分析（有参情形）
前面已经讲述了R包clusterProfiler的GO富集分析[https://www.jianshu.com/p/51af63922e26]方法，本篇继续演示R包goseq...
-
DESeq2差异分析need:表达矩阵 分组矩阵，值要是整数 DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA...
-
-
