相关成果发表在NAR，Zijie Jiang, Zhixiang Peng, Zhaoyuan Wei, Jiahe Sun, Yongjiang Luo, Lingzi B...
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AutoHIC 自动纠正HiC挂载结果
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SVIM-asm 基因组水平鉴定SVgithub：https://github.com/eldariont/svim-asm[https://github.com/eldariont/svim-asm] ref...
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compleasm 评估基因组质量
文章由Heng Li出品，发布在Bioinformatics，‘compleasm: a faster and more accurate reimplementation ...
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PanDepth快速计算reads深度，覆盖度
计算reads的覆盖度经常使用samtools，但是pandepth的速度会更加快！ PanDepth安装非常简单 使用方法也很容易 -g; gff作为输入，可计算基因的深度...
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一键式分析miRNA-sRNAminer
标题还是起小了，sRNAminer是由华南农业大学夏瑞团队发表，针对于植物小RNA分析。我只关注过miRNA，因此，只针对miRNA进行了测试。该文章"sRNAminer: ...
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@请我吃辣条吧 是可以的，不管是SNP还是INDEL的，都是变异
admixture 群体结构分析
tructure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP、indel、SSR。相比于PCA，进化树，群体结构分析可明...
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感谢，真是拯救了我！！
Mac上word保存后文件找不到的问题
打开Finder 输入command＋shift＋g（三个一起按哦），打开文件夹路径输入框 输入/private/var/folders/ 文件夹下面找到 T/com.mic...
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Mac上word保存后文件找不到的问题
打开Finder 输入command＋shift＋g（三个一起按哦），打开文件夹路径输入框 输入/private/var/folders/ 文件夹下面找到 T/com.mic...
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@烟柳皇都 貌似是你maker的问题，修改control file
GeneMark-ES/ET安装与模型训练
GeneMarkGeorgia Institute of Technology开发的一系列基因预测工具。真核生物基因组预测主要会用到GeneMark-ES/ET, 其中Gen...
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IGV-GSAman | 极大提高「功能基因组学」研究效率的基因组浏览器写在前面 今天周末，转眼10月份只剩一周。万万没想到，一个月下去，我还是花了不少时间在完善「GSAman」。至于为什么本来「两个小时」就干完的事情，可以干成「22天」？到底还...
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转座子（TE,散在重复）特征及其对基因组影响基因组中重复序列大体分为两类：串联重复（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可预测）散在重复（Dispersed repeats），...
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SALSA Hi-C辅助组装
基于HI-C，将contig挂载到scaffold水平，同时可对contig进行纠错。 具体可见：Ghurye, J., Pop, M., Koren, S., Bickha...
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cDNA_Cupcake处理Iso-Seq该工具用于处理三代转录组（CCS）结果 具体请关注： https://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake/wiki[https://github....
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khaper 去除基因组重复
该工具主要用于去除基因组重复的序列。 详情请查看githup [https://githup.com/lardo/khaper] Note 软件需要内存 >100 G 该软件...
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自己测的最好，公共的也可以
GeneMark-ES/ET安装与模型训练
GeneMarkGeorgia Institute of Technology开发的一系列基因预测工具。真核生物基因组预测主要会用到GeneMark-ES/ET, 其中Gen...
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cuteSV鉴定SV
一款用于鉴定三代长reads（HiFi, ONT, CLR）的软件。经作者检验，其准确度高于pbsv, svim, sniffles。 安装 简单使用 当然，对于不同类型的l...
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Paragraph对SV进行基因分型基于重测序数据用于对sv进行genotype. githup: https://github.com/Illumina/paragraph[https://github.co...