基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非常重要的来源，...
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群体进化分析--基因流及群体历史分析——我愿称之为史上最全 -
ABBA-BABA遗传渗入分析（Dsuite软件）ABBA-BABA分析方法最早发布于2012年NATURE的文章：Butterfly genome reveals promiscuous exchange of mimic...
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fastsimcoal2 推断群体演化历史案例案例一 IM20Mb.tpl IM20Mb.est run line .tpl中字母代表的是要估计的参数，有些给定的值如果在.est文件中定义，也会重新估计。.est文件中文...
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fastsimcoal2推断群体演化历史(Demographic history)1. 群体演化历史分析的案例： 群体演化包括有效群体大小(Ne)变化、基因流，迁徙，分化等，会对等位基因频率产生显著影响，塑造了现有遗传多样性的模式和水平。群体演化、遗传漂变...
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应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程eggnog-mapper实现功能注释 eggNOG-Mapper介绍 通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常见的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者...
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8. GWAS：亲缘关系——TASSEL&GCTA• 指在非家系群体或系谱不明确的群体中两特定材料之间的遗传相似度与任意材料之间的遗传相似度的相对值； • 材料间不平衡的血缘关系是导致标记出现非连锁相关的另一个重要原因，小家...
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@Morriyaty 您好，您用R画出来了么？我出来summary文件，但是没有出图
种群动态历史评估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）
SFS的基本理解、介绍的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
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种群动态历史评估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）SFS的基本理解、介绍的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
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Stairway-plot群体动态图
一 首先用BayesScan删除受选择的位点1.输入文件：PGDSpider将VCF 转为GESTE/BayScan格式，即下面的bates.xml2.运行命令 3.输出文...
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@早睡早起abcdefg 然后用java -cp stairway_plot_es Stairbuilder two-epoch_fold.blueprint命令要么？
种群动态历史评估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）
SFS的基本理解、介绍的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
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请问你是怎么运行的呢？
种群动态历史评估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）
SFS的基本理解、介绍的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
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请问你跑出图片了吗？我现在有obs文件
Stairway-plot群体动态图
一 首先用BayesScan删除受选择的位点1.输入文件：PGDSpider将VCF 转为GESTE/BayScan格式，即下面的bates.xml2.运行命令 3.输出文...
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位点频谱(SFS)计算1. 什么是位点频谱(site frequency spectrum)? 位点频谱也叫等位基因频谱(allele frequency spectrum)是群体遗传学的术语，用...
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7.1 GWAS：系统进化树——MEGA系统发育树 系统发育树是表明被认为具有共同祖先的各物种/材料之间的演化关系树形图，用来描述物种（或材料、序列等）之间的分类和演化关系，是反映群体结构最经典、直观、有效的方法；...
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您好，一个位点有两个等位基因频率，那应该那个呢？
vcf文件与vcftools（二）
vcftools是用来处理vcf和bcf文件的工具集，功能涵盖了过滤，数据格式转换，一些指标的统计计算，vcf文件之间变异信息的差异比较等等。 1.基本用法 2.使用 官网提...
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vcf文件与vcftools（二）
vcftools是用来处理vcf和bcf文件的工具集，功能涵盖了过滤，数据格式转换，一些指标的统计计算，vcf文件之间变异信息的差异比较等等。 1.基本用法 2.使用 官网提...
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PPI | 一键预测基因/蛋白互作网络三年过去，我们更新了至少300个版本，尽管现在标签只是 TBtools v1.110。今天除夕，给大伙送一个新春大礼包，TBtools 主程序新功能，「PPI Predict...
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PGDspider的使用1、该软件的使用需要在java环境内，下载java并安装 https://download.oracle.com/java/18/latest/jdk-18_windows-...
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candidates.bh
[1] 58856 69307 29899 61756 36935 55110 66332 21781 55108 58848 50459 46505 58847 4727
[15] 55109 55112 46504 31493 12207 63916 34216 67765 63374 40016 32256 48136 66333 3049
您好想问下，得出的这些数是对应到第几行的那个snp位点吗？比如58856对应到第58856行的snp位点？检测选择信号/位点
本文主要介绍hapFLK(FLK统计量)、LEA软件包(LFMM模型)和PCADAPT软件如何检测选择信号 总体的思想就是通过这几款软件、不同的算法计算出每一个位点的z-sc...
