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基因长度并不是end-start需求 tpm、fpkm这样的数据，计算公式里都有“基因有效长度”，有些地方直接叫基因长度。之前计算这些，都是采用最快的方式—找豆豆。今天想要把这部分逐渐加到课程里，我就必须要...
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【陈巍学基因-5】单细胞mRNA测序欢迎关注公众号：oddxix单细胞mRNA测序一直是科学家关注的一个热点。目前市场主要有2种建库方法，分别是Clontech公司推出的SMART法，和EpiCentre公司推...
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单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics要实现单细胞mRNA测序，需要解决2个难题：1. 一个人类细胞中，RNA总量大约只有10pg左右（1pg=10-12g），其中mRNA的量大约只有0.2pg。要把这么少的mR...
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你要的单细胞全长转录本建库方案：smart-seq3来了
作者：尧小飞审稿：童蒙编辑：amethyst 01 背景介绍 目前在NGS的科技服务市场上单细胞转录组和三代是最火的两个方向，也是由于工业技术升级带来的研究的新方向和新视野（...
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Linux下gz文件解压
gz文件是一种压缩文件，以.gz或者.tar.gz（.tgz）为扩展名，在Linux下常见，可以直接解压使用这种压缩文件。 .gz文件解压如果是以.gz扩展名结尾的gz文件，...
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预测差异表达基因集的转录调控子的工具-Lisa刘小乐老师课题组发布了一个用于预测差异表达或共表达基因集的转录调控子的工具Lisa文章为：《Lisa: inferring transcriptional regulator...
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seurat-ScaleData()源码解析一、ScaleData()简介 单细胞基因表达counts矩阵数据经过NormalizeData()归一化处理后，还需要进行scale标准化。ScaleData()[http...
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生信地基系列--MACS3 Call peaks随着测序技术的改进，染色质免疫沉淀后的高通量测序（ChIP-Seq）在研究全基因组蛋白质-DNA相互作用方面越来越流行。为了解决缺乏强大的ChIP-Seq分析方法的问题，我们...
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ChIP-seq基础入门理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不...
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宏转录组分析：SortMeRNA鉴定过滤rRNA导读 转录组测序一般期望得到的是mRNA的信息，但是总RNA当中绝大部分都是rRNA。rRNA的信息一般是无用的，所以需要去除总RNA中的rRNA，获得较纯的mRNA。真核生...
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生信杂谈：去除rRNA走的歪路-Soremerna 和 rRNAfilter在我们处理转录组或宏转录组数据时，去除rRNA数据是比较重要的环节之一，为什么呢？ 因为rRNA（核糖体 RNA）是基因组中高度丰富和保守的成分，不能为转录组学研究提供有用的...
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为什么说FPKM和RPKM都错了？
这本是三年多之前我发在公众号上的一篇旧文，一些偶然的机会，发现不少朋友也在讨论这个问题，因此我重新做了梳理并发出来。这样的讨论是有益的，放在今天也不过时，我也愿意和更多的朋友...
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R包sva去除批次效应关于sva包 sva的用户说明：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/sva/inst/do...
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为什么要以数据库的思维来理解单细胞数据在我们涉足单细胞数据分析不久之后就会发现，我们在和一套新的理念打交道。在这套理念中，对象是常见的，数据是多维的，往往是一张核心表及其附属。我们对一张表是熟悉的，Excel极大...
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【单细胞测序数据分析-1】认识Seurat对象数据结构/数据格式及操作一文了解单细胞对象数据结构/数据格式，单细胞数据操作不迷茫。本文内容包括 单细胞seurat对象数据结构， 内容构成，对象的调用、操作，常见函数的应用等。 1. 单细胞seu...
