需求 tpm、fpkm这样的数据，计算公式里都有“基因有效长度”，有些地方直接叫基因长度。之前计算这些，都是采用最快的方式—找豆豆。今天想要把这部分逐渐加到课程里，我就必须要...
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基因长度并不是end-start -
【陈巍学基因-5】单细胞mRNA测序欢迎关注公众号：oddxix单细胞mRNA测序一直是科学家关注的一个热点。目前市场主要有2种建库方法，分别是Clontech公司推出的SMART法，和EpiCentre公司推...
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单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics要实现单细胞mRNA测序，需要解决2个难题：1. 一个人类细胞中，RNA总量大约只有10pg左右（1pg=10-12g），其中mRNA的量大约只有0.2pg。要把这么少的mR...
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你要的单细胞全长转录本建库方案：smart-seq3来了
作者：尧小飞审稿：童蒙编辑：amethyst 01 背景介绍 目前在NGS的科技服务市场上单细胞转录组和三代是最火的两个方向，也是由于工业技术升级带来的研究的新方向和新视野（...
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Linux下gz文件解压
gz文件是一种压缩文件，以.gz或者.tar.gz（.tgz）为扩展名，在Linux下常见，可以直接解压使用这种压缩文件。 .gz文件解压如果是以.gz扩展名结尾的gz文件，...
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预测差异表达基因集的转录调控子的工具-Lisa刘小乐老师课题组发布了一个用于预测差异表达或共表达基因集的转录调控子的工具Lisa文章为：《Lisa: inferring transcriptional regulator...
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seurat-ScaleData()源码解析一、ScaleData()简介 单细胞基因表达counts矩阵数据经过NormalizeData()归一化处理后，还需要进行scale标准化。ScaleData()[http...
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生信地基系列--MACS3 Call peaks随着测序技术的改进，染色质免疫沉淀后的高通量测序（ChIP-Seq）在研究全基因组蛋白质-DNA相互作用方面越来越流行。为了解决缺乏强大的ChIP-Seq分析方法的问题，我们...
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ChIP-seq基础入门理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不...
