BeautifulSoulpy

现有比对工具在做mapping之前，都需要下载对应物种的参考基因组做index，而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。 现有的参考基因组存储网站三个： UCSC 的...

果蝇饲养员的生信笔记

一、 基本介绍 HISAT2 是一款利用改进的BWT算法进行序列比对的软件。由约翰霍普金斯大学计算生物学中心（CCB at JHU）开发，是TopHat的升级版本，速度提高...

xuzhougeng

欢迎来GitHub上fork，一起进步： https://github.com/xuzhougeng 比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisa...

猫叽先森

参考：Jimmy老师博客：基因组各种版本对应关系目前常用的人类参考基因组是GRCh37和GRCh38，在三大常用数据库对应关系如下： NCBIUCSCENSEMBLGRCh3...

Bio_Infor

前段时间在生信技能树单细胞学习小分队分享单细胞文章复现，一不小心就踩了一个坑……记录在这儿和大家一起分享。 背景 主要是想复现2020年发表在 PNAS 上的一篇题为 Sin...

whitebird

接前面的流程，我们使用FindIntegrationAnchors()[https://satijalab.org/seurat/reference/FindIntegrat...

Hayley笔记

1. clusterProfiler包，bitr()转换ID函数 clusterProfiler 是Y叔写的一个功能强大的R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO...