现有比对工具在做mapping之前，都需要下载对应物种的参考基因组做index，而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。 现有的参考基因组存储网站三个： UCSC 的...
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参考基因组及注释下载
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软件4 —— hisat2和samtools一、 基本介绍 HISAT2 是一款利用改进的BWT算法进行序列比对的软件。由约翰霍普金斯大学计算生物学中心（CCB at JHU）开发，是TopHat的升级版本，速度提高...
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转录组入门（5）： 序列比对欢迎来GitHub上fork，一起进步： https://github.com/xuzhougeng 比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisa...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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【施工中】常用数据库下载参考基因组及注释文件参考：Jimmy老师博客：基因组各种版本对应关系目前常用的人类参考基因组是GRCh37和GRCh38，在三大常用数据库对应关系如下： NCBIUCSCENSEMBLGRCh3...
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R数据格式：RData，Rds区别
Rdata是生信技能树生信爆款入门课程[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247497973&id...
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单细胞分析踩坑实录：DotPlot()之'RNA' assay还是 'integrated' assay?前段时间在生信技能树单细胞学习小分队分享单细胞文章复现，一不小心就踩了一个坑……记录在这儿和大家一起分享。 背景 主要是想复现2020年发表在 PNAS 上的一篇题为 Sin...
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seurat单细胞转录组整合分析教程-02接前面的流程，我们使用FindIntegrationAnchors()[https://satijalab.org/seurat/reference/FindIntegrat...
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Seurat包其中的FindIntegrationAnchors函数解析
在用Seurat包做多样本整合的时候，我们通常采用两种方式：（1）merge的方式（2）FindIntegrationAnchors的方式整合这里我们来解析一下FindInt...
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基因ID转换方法总结1. clusterProfiler包，bitr()转换ID函数 clusterProfiler 是Y叔写的一个功能强大的R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO...
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【单细胞分析】seuratV3简介及实操Seurat简介 Seurat[https://satijalab.org/seurat/]---几乎是当前单细胞RNA-seq分析领域的不可或缺的工具，特别是基于10X...
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10x Genomics RNA-seq 原理详解近期的一系列际遇都再次论证了我真的是一个靠运气闯荡江湖的人，鬼使神差的混入了一个超棒的实验室，并且受到了同伴和室友在工作和生活上的无私的照顾。日子像梦一样美好，我只想时间走的...
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Error in irlba(A = t(x = object), nv =npcs, ...) :max(nu, nv) must be positive
Error in irlba(A = t(x = object), nv =npcs, ...) :max(nu, nv) must be positive 是因为前面有一行...
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RunPCA时遇到error in irlba(A = t(x = object), nv = npcs, ...) : max(nu, nv) must be strictly les...
> pbmc <- RunPCA(pbmc, features = VariableFeatures(object = pbmc))Error in irlba(A = t(...
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单细胞表达矩阵文件转换
先附上学习连接https://mp.weixin.qq.com/s/NaZ5kz3ew2O01cFEnK8sXg这个问题之前也遇到过，在此搬个小板凳来学习学习 数据下载 由于...
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Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 'row.names'的长度不对作为生信菜鸟，某天运行代码，出现如下错误： 运行如图代码出现错误。明明跟着老师来，为啥会出错呢？百度： 有个解答如下：R语言&Python GEO DataSets多个Ser...
