系列回顾：1.RNA velocity分析练习（一）文件下载以及预处理2.RNA velocity分析练习（二）软件安装3.RNA velocity分析练习（三）生成loom...
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RNA velocity分析练习（四）聚类以及velocity可视化 -
非模式生物KEGG富集分析写在前面 因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。所以自己尝试使用KAAS造一个...
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「生信软件」细菌质粒组装
pATLAS smaegol/PlasFlow BU-ISCIII/plasmidID phac-nml/mob-suite zhenchengfang/PPR-Meta S...
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TCGA 拷贝数变异（CNV）数据整理（一）
zhuang_gj 3月-09-2021 从TCGA下载Masked Copy Number Segment 数据-----解压后进行处理 marker file数据下载和处...
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TCGA生存模型的构建以及模型预测和评估生存模型的构建方法包括：1. Lasso回归；2. Cox多因素回归；3. 随机森林；4. 支持向量机 可以把log_rank_test或cox筛选出的基因单独做模型构建，也...
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GSEA和GSVA，再也不用去下载gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的书里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一个叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R语言化了。那么以后想做G...
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ggpubr包绘制SCI文章图（基础知识）最近年中总结，我们学习一些基础知识，还有几天总结就结束了，期待FFPE做空间转录组大放异彩 安装及加载ggpubr包 安装方式有两种： 直接从CRAN安装： 从GitHub上...
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单基因TCGA的Cox森林图怎么画才好看首先调取Xena网页的TCGA数据做Cox生存分析，数据可以通过hiplot官网自主研发的ucsc-xena-shiny直接在线获取访问https://hiplot.com....
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R语言获取 GO/KEGG 中某一通路的基因集
有时候我们想看某一特定通路的富集情况，这时就需要获取该通路的基因集。 一、从 GO 中获取 下载脚本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
