pycharm 使用wsl conda 环境 要在PyCharm中使用WSL的conda环境，你需要按照以下步骤操作： 确保你的WSL已经安装并设置好了conda。 打开Py...
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pycharm 使用wsl conda 环境
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修改fastp的16线程限制
下载源码：https://github.com/OpenGene/fastp[https://github.com/OpenGene/fastp] 修改options.cpp...
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如何用IGV看比对结果默认情况下，IGV单独显示 paired-end reads 的每一个reads，因为它们可以更紧凑地排列。按住Ctrl键单击其中一个reads（在MacOS上按住Cmd键单...
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生信基础 unique比对的获取
1.Sam文件各标签含义（tophat/hisat2) NH:i:<n style="box-sizing: border-box;">: N=1时 为unique。常用于t...
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pyWGCNA数据准备
这是进行任何网络分析的第一步。我们在这里展示如何加载典型的表达数据，将其预处理成适用于网络分析的格式，并通过删除明显的异常样本和基因来清理数据。 Data Input[htt...
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利用三代转录本升级基因组注释（gff3）因为课题需要，我们在前期组装了一个基因组并进行了注释，但是存在两个问题，一个是没有考虑可变剪切，另一个是注释的基因并不准确，三代转录组的广泛普及对于基因研究提供了很大的便利，...
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Seaborn调色板的使用与所有颜色组合
因为花生有20条染色体，“tab20”可能比较合适，也可以其他配色自己调整 可以截取一部分进行使用，比如截取前四个： 如下图所示： 也可以基于此进行重复使用 采用前六个并且重...
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实用生信小技巧：利用pysam高效处理bam文件
由于bam文件是二进制的压缩文件，正常情况下我们无法用普通编辑器打开查看，一般情况下我们借助samtools软件来对文件进行处理。但很多小伙伴一定遇到过这样的问题：如果我想对...
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linux子系统的安装，迁移，汉化,安装图形界面与换apt源目录 一,linux子系统安装（Ubuntu20.04） 1，配置安装环境 2，下载Linux的Ubuntu系统 二，Linux迁移到D盘 1，通过github下载迁移程序L...
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MapChart2.32的安装和使用目录 前记1、下载和安装2、使用介绍2.1、绘制简单的遗传图谱2.2、绘制带格式的遗传图谱2.2.1、对连锁群名称的注释2.2.2、对分子标记的注释2.2.3、设置背景板样式...
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samtools过滤多重比对reads
samtools过滤多重比对reads samtools[https://www.omicsclass.com/topic/283] samtools过滤多重比对reads ...
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samtools markdup 的正确使用方式文档
NAME samtools markdup – mark duplicate alignments in a coordinate sorted file SYNOPSIS ...
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VCF格式转换(plink, hapmap)
格式转换 hapmap格式：hmp.txt plink格式：ped和map以及二进制文件bed/bim/fam vcf格式：vcf 1.1. hapmap <-> vcf #...
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学习笔记<br>研究方向: 植物群体遗传学<br>
