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前记
1、下载和安装
2、使用介绍
2.1、绘制简单的遗传图谱
2.2、绘制带格式的遗传图谱
2.2.1、对连锁群名称的注释
2.2.2、对分子标记的注释
2.2.3、设置背景板样式
2.3、绘制标识多个连锁群共线性的遗传图谱
2.3.1、连锁群名称的设置
2.3.2、分子标记/位点的设置
2.3.3、连锁群区域突出显示
2.4、绘制QTL在连锁群（染色体）上的位置
2.5、绘制多个连锁群的遗传图谱
2.6绘制带有LOD值曲线的遗传图谱
前记
MapChart是一款用来可视化遗传图谱和QTL的软件，在QTL定位研究中被经常使用，有助于科研人员直观地了解遗传图谱和QTL的相关信息。下面对该软件的安装和使用做简单介绍，并以其中的示例文件介绍其使用的相关细节。
MapChart官网：
Mapchart - WUR
https://www.wur.nl/en/show/mapchart.htm
参考文献：Voorrips, R.E., 2002. MapChart: Software for the graphical presentation of linkage maps and QTLs. The Journal of Heredity 93 (1): 77-78.
1、下载和安装
进入官网后，下载右侧的MapChart2.32安装包和MapChart license file。
注意下方的提示，下载后的两个文件需要放到同一个文件夹下。
2、使用介绍
2.1、绘制简单的遗传图谱
按上述格式整理分子标记名称和遗传位置信息，每个连锁群需要有对应的名称，输出结果如下。
2.2、绘制带格式的遗传图谱
一些遗传图谱中中的信息需要进行颜色字体等注释，以突出目的分子标记或染色体区段。
2.2.1、对连锁群名称的注释
普通样式：group/GRUOP+<连锁群名称>
可设置样式：
1、添加字符A，隐藏连锁群的名称；
2、添加字符B，加粗字体；
3、添加字符C+数字，设置字体颜色；（例如C4）
4、添加字符E=数字，设置连锁群的终止位置；（例如E=120）
5、添加字符F+数字，设置连锁群的填充颜色；（例如F7）
6、添加字符V=数字，设置连锁群垂直下移长度，单位mm；（例如V=60）；
7、添加字符U，设置字体下划线。
2.2.2、对分子标记的注释
常用注释样式：
1、添加字符B，加粗字体；
2、添加字符C+数字，设置字体颜色；（例如C4）
3、添加字符I，设置斜体；
4、添加字符S+数字，设置字体大小；（例如S14）
5、添加字符U，设置字体下划线。
2.2.3、设置背景板样式
默认样式：白色透明背景。
设置路径：菜单栏-Tools-Chart Options
示例如下：
以上例子设置后的输出结果如下：
2.3、绘制标识多个连锁群共线性的遗传图谱
当几个连锁群上存在一些具有共线性或同源性关系的分子标记或位点时，常常需要进行连线表示，以直观地显示这些位点之间的同源性关系。在MapChart中，位于不同连锁群上的具有同源性的位点会显示出同样的颜色，并以线条进行连接。
2.3.1、连锁群名称的设置
1、添加字符R，可将连锁群进行倒置；
2、添加字符m，可将连锁群进行镜像翻转；
3、添加字符v=数字，将连锁群向上（负数）或向下（正数）平移；
2.3.2、分子标记/位点的设置
将需要进行共线性标识的分子标记进行命名，例如h1、h2、h3等，不同连锁群上具有共线性的分子标记设置为同样的名称，MapChart会根据名称进行线性连接。
2.3.3、连锁群区域突出显示
连锁群信息末尾添加内容：
segments
start_position end_position C+数字
设置之后的输出结果如下：
2.4、绘制QTL在连锁群（染色体）上的位置
此部分需要输入两部分内容：
1、连锁群信息（遗传图谱）
2、QTL的信息（遗传位置）
具体设置如下：
在连锁群信息的下方隔一行输入QTL的位置信息，格式为：
QTLs
start_outer start_inner end_inner end_outer，分别代表QTL起始的置信区间和终止的置信区间。
可对QTL进行注释，例如B（斜体）、C（颜色）、F（填充）、L（线条样式）。
设置后输出结果如下所示：
注：绘制多个连锁群时，在连锁群后添加字符P，可以使该连锁群处于下一页显示。
2.5、绘制多个连锁群的遗传图谱
如示例文件5所示。
输出结果如下：
2.6绘制带有LOD值曲线的遗传图谱
QTL定位研究中，常常需要将定位所得的位点的效应和所在的染色体连锁群结合起来，这样可以直观地显示QTL的位置和效应大小。
主要的步骤如下：
1、输入连锁群的分子标记信息，标记名称和遗传位置；
2、QTL信息输入，名称等附加信息；
3、图片尺寸的设置，S（刻度间隔）和H（Y轴最大值）；
4、曲线的设置，阈值，L（线条样式）；
5、设置图片信息（遗传位置、所在连锁群、LOD值和位点名称），见下图。
示例文件如下所示：
设置后的输出结果如下：
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