今天介绍DNA或蛋白质序列的两两比对（pairwise comparisons），除了具体操作，还加入了一些理论知识。 通过比对可以确定两序列是否同源，找到序列中的结构域，...
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【陪你学·生信】八、序列两两比对的理论和操作
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组学工具合集
组学工具合集 整理了一些目前知道的与组学相关的工具，可能不全面，欢迎补充 基因组学 一代组装 Celera Assembler: 最具代表性的工具 二代组装 Minia SP...
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拾壹-Linux下Rserve开机自启动
一、奇怪的开端 为什么我要这样做？这是一个谜团，可能因为我无聊，也可能因为我真的实在太无聊，可是就这样了。我实在喜欢上R语言了，对比Python来说，这个挑战难度太大了！！ ...
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聊聊R语言中t转置函数
t()给定矩阵或数据框x，t函数返回x的转置。 在对data.frame进行t()操作时需要注意，避免数字变成字符串。 1. 矩阵转置 矩阵里面所有内容都是相同类型数据，使用...
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6-【FasTtree、RAxML-NG、IQtree】的安装和使用（2021.3.16更新）初次记录时间：2021.2.5 3.12更新说明：ML建树对与模型的替代选择比较敏感，因此增加了第四部分推测最佳模型的方法：jModeltest和ProtTest。3.16更...
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STAR安装与使用首先，先回顾一下STAR的使用流程： 安装最新版本的STAR可以使用conda 但是当我使用最新版本的STAR跑之前版本STAR建立的index时，遇到这样的报错： 因此，我...
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蛋白序列亚细胞定位工具评测
CELLO v.2.5: subCELlular LOcalization predictor 蛋白亚细胞定位访问网址：http://cello.life.nctu.edu....
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Python 相关性分析 显著性检验
Pandas中有pandas.DataFrame.corr和pandas.Series.corr两个方法进行相关性的计算，第一个针对整个dataframe数据返回一个矩阵，第...
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Python argv函数简介
如果想对python脚步传参数，那么就需要命令行参数的支持了，这样可以省的每次去改脚步了。例如： 这个脚本运行时，如果直接输入： 返回结果如下： 因为要求需要 4 个参数，实...
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samtools merge命令
samtools merge命令的功能描述： 当有多个样本的bam文件时，可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。Merge命令将多...
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用faCount计算有效基因组大小
faCount是UCSC中的一个工具，UCSC的安装可以看我的相关笔记。faCount可以统计得到基因组数据中的总碱基数和基因组装配中缺失碱基数（即被标位N的碱基）。有效基因...
