会做实验的生物信息小蚊纸~~~
发简信
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R使用笔记：ggplot2 & ggpubr 给boxplot添加significance levels本次笔记内容：用ggpubr的stat_compare_means()给boxplot加上significant labels编写函数选择P值小于某一值的pairs，并只在图...
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conda安装本地blast出现错误
因为要使用本地blast 我从conda安装，命令如下： conda install -c bioconda blast ##安装过程如下： Collecting packa...
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R语言pheatmap热图色条控制小技巧本期介绍一个控制热图颜色范围并规定指定值颜色的小技巧。 使用的是R语言的pheatmap包，先生成随机数据： data1如下： 查看数据范围： 使用上面的矩阵做热图，要求低值...
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宏基因组分析流程分析内容如下图所示： 具体分析步骤如下： 数据质控，使用 kneaddata 软件， 该软件先调用 Trimmomatic 过滤数据，然后利用 bowtie2 或 bmtag...
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ggplot2绘图学习-箱线图和小提琴图最近考种数据回来了，今年测得单株，本想用箱线图表示，后来一并把小提琴图也做了，顺便做个笔记吧。 利用SUMIF对相同rowname数据合并 首先遇到了一个问题，由于之前在收花...
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scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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生信技能树，生信菜鸟团，jimmy
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R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记上篇文章中提了一下如何通过ggpubr包为ggplot图添加p-value以及显著性标记,本文将详细介绍。利用数据集ToothGrowth进行演示 比较方法 R中常用的比较方...
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主要转录因子数据库
TRANSFAC 数据库 有两个版本，公开版和专业版 JASPAR数据库 JASPAR是收集有关转录因子与DNA结合位点模体的最全面的公开的数据库，该数据库众所包含的数据都经...
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用Seurat移除细胞周期的影响
如何用Seurat去除细胞周期对下游分析的影响? 首先，我们基于G2/M和S期的标志物表达给每个细胞赋值评分。这些标志物集合与他们的表达水平应当成反比的关系，而且两者都不表达...
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使用monocle包进行pseudotime分析
欢迎关注”生信修炼手册”! monocle是一个专门用于分析单细胞转录组数据的R包，提供了聚类，pseudotime, 差异分析等多种功能，该项目的网址如下 https://...
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实验记录10: 用Monocle进行伪时间分析概要 本文主要讨论Seurat对象导入到Monocle中直接进行分析的可行性，分两种情况：①经过数据清洗、标准化和聚类的Seurat对象导入②未经过任何处理的Seurat对象...
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最近不常登陆简书，若评论问题没有及时回复，可以发邮件交流 bioinfortime@163.com
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Bioconductor 分析芯片数据教程
这是我在 The Bioinformatics Knowledgeblog 上看到的一篇教程，原文在这里，教程条理清晰，对我理解芯片数据分析流程帮助很大，就把它翻译了过来。 ...
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中科院上海生科院硕博连读生。<br>
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生信笔记收藏汇总
更新日期：2018/3/13 这里汇总一些生信分析和数据可视化相关的推文或笔记，为知笔记里存的东西太杂太乱，花了一天的时间初步整理了下。点击跳转的是为知笔记提供的链接，可能需...
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