本次笔记内容:用ggpubr的stat_compare_means()给boxplot加上significant labels编写函数选择P值小于某一值的pairs,并只在图...
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本期介绍一个控制热图颜色范围并规定指定值颜色的小技巧。 使用的是R语言的pheatmap包,先生成随机数据: data1如下: 查看数据范围: 使用上面的矩阵做热图,要求低值...
分析内容如下图所示: 具体分析步骤如下: 数据质控,使用 kneaddata 软件, 该软件先调用 Trimmomatic 过滤数据,然后利用 bowtie2 或 bmtag...
最近考种数据回来了,今年测得单株,本想用箱线图表示,后来一并把小提琴图也做了,顺便做个笔记吧。 利用SUMIF对相同rowname数据合并 首先遇到了一个问题,由于之前在收花...
拟时(pseudotime)分析,又称细胞轨迹(cell trajectory)分析,通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程,在发育相关研究中使用频...
上篇文章中提了一下如何通过ggpubr包为ggplot图添加p-value以及显著性标记,本文将详细介绍。利用数据集ToothGrowth进行演示 比较方法 R中常用的比较方...
TRANSFAC 数据库 有两个版本,公开版和专业版 JASPAR数据库 JASPAR是收集有关转录因子与DNA结合位点模体的最全面的公开的数据库,该数据库众所包含的数据都经...
如何用Seurat去除细胞周期对下游分析的影响? 首先,我们基于G2/M和S期的标志物表达给每个细胞赋值评分。这些标志物集合与他们的表达水平应当成反比的关系,而且两者都不表达...
欢迎关注”生信修炼手册”! monocle是一个专门用于分析单细胞转录组数据的R包,提供了聚类,pseudotime, 差异分析等多种功能,该项目的网址如下 https://...