TPM是RNAseq测序结果里很好的归一化表达矩阵，以前都是FPKM，但目前TPM才是主流，很多测序公司也开始用TPM作为基因定量单位进行分析了，基因表达分布、相关性系数和主...
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有了TPM，怎么做基因表达分析、相关性分析和主成分分析 -
如何利用R语言实现logistic逐步回归导 语 在日常学习或工作中经常会使用线性回归模型对某一事物进行预测，例如预测房价、身高、GDP、学生成绩等，发现这些被预测的变量都属于连续型变量。然而有些情况下，被预测变量可...
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单/多个基因在组间同时展示的多种选择：分组小提琴图、分组/分面柱状图、单基因蜂群点图拼图绘制这是ggplot2可视化专题的第二个实例操作 【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录 【ggplot2绘图具体...
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“我不想24岁了，还花家里的钱”
今天接到一个小姑娘的咨询，她问我的公众号有没有兼职可以提供，她可以做一些简单的下游分析赚点外快。 我说没有呀。 科研服务是个苦差事 其实倒是经常有一些读者来求助，想要找我们做...
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GEO数据库-ID转换系列(一)GEO数据库-ID转换系列(一) 作者：jzhang 前言：我们都知道很多人在进行GEO数据库挖掘的时候，首先遇到的第一个痛点就是探针ID转换成gene symbol的问题，...
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跟着Nature Communications学数据分析：R语言做随机森林模型并对变量重要性排序论文 Drivers and trends of global soil microbial carbon over two decades https://www.natu...
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TCGA-miRNA的生存分析引言：之前写了mRNA的生存分析，对于miRNA来说基本一致，只不过因为从TCGA上下载的miRNA的reads文件和mRNA有一点不一样，需要额外处理一下。TCGA-mRN...
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生信文章数据分析--TCGA生存分析首先对该文中第一幅图进行分析，该图描述的是：通过单因素生存分析发现，在TCGA-GC患者样本中，Stromal scores与患者预后明显相关(P=0.012)。 数据下载 ...
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TCGA和GEO套路文章解说文章，重在研究思路。有好的思路，才能有精彩的故事。很多时候，我们想找一个好点子，比如性状，疾病相关的关键分子，需要设计实验，做大量的分子筛选的工作，对于土豪实验室可以可以大把...
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TCGA学习03：生存分析TCGA学习01：数据下载与整理 - 简书 [https://www.jianshu.com/p/79816a20cbb1]TCGA学习02：差异分析 - 简书 [htt...
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使用mirDeep2进行miRNA-seq数据分析软件安装 首先从GitHub上下载最新的miRDeep2 使用install.pl脚本进行安装 会有如下的提示信息 可以按照他的要求，直接使用source ~/.bashrc...
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4分SCI，40天接收，较简单的非肿瘤纯生信大家好，今天要和大家分享的是2021年8月发表的一篇文章：“Integrated Bioinformatics-Based Identification of Potenti...
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miRNA靶基因预测数据库1.Tarbase:实验证据支持的miRNA靶基因数据库http://www.microrna.gr/tarbase 然后点击Pred.Score就会跳转下方页面，就有结合的...
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满足你的硕士毕业论文小套路---蛋白结构与功能和疾病关系的生信分析完整套路
目前，许多学校的硕士毕业论文要求都是发表一篇中文核心论文，便能达到毕业小论文考核。针对小论文的发表，有的同学要么是因为课题难度有些大，没有摸好合适的浓度，实验结果不理想。...
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常见的OrgDB包，方便对应物种注释
列举了19个OrgDB，物种对应的全基因组注释R包，方便根据EntreZ进行基因的注释分析等等 | 物种 | OrgDB || 按蚊（Anopheles） | org.Ag....
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miRNA的靶基因寻找与鉴定
一、miRNA的靶基因寻找 研究表明，一个基因可以受多个miRNA调控，而一种miRNA又可以参与调控多个靶基因，据预测，至少有30%的人类基因是miRNA的靶基因。这就足以...
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蛋白质组学数据的缺失值填充
缺失值填充在数据分析领域的预处理过程绕不过去的一个坎，蛋白质组学也不例外，简单记录下，可能有些地方有其特殊之处。 分析缺失值来源：完全随机缺失（MCAR，如质谱仪抖动，对数据...
