本文讲的是aglient芯片原始数据的处理,参考资料是limma 的userguide文档。GEO数据库下载的表达矩阵不符合预期,比如是空的,或者是有负值的,那我们就处理一下...
IP属地:广东
本文讲的是aglient芯片原始数据的处理,参考资料是limma 的userguide文档。GEO数据库下载的表达矩阵不符合预期,比如是空的,或者是有负值的,那我们就处理一下...
通过前面的数据下载,我们一般都可以得到如下矩阵,为了后续分析及文章需要,我们则需要吧探针名转化为gene_symbol ID转化主要分为二步 Ⅰ、得到探针一一对应的基因名Ⅱ、...
1. clusterProfiler包,bitr()转换ID函数 clusterProfiler 是Y叔写的一个功能强大的R包,可以用来做各种富集分析,如GO、KEGG、DO...
上一篇笔记记录了如何下载芯片数据(GEO数据库视频学习笔记(芯片数据下载和数据读取)),这篇笔记继续跟着视频学习,视频地址:here (一)如何从对象里提取表达矩阵 如果你要...
在进行测序数据下游分析的时候常常需要用到不同的数据库,而这些数据库的分析的输入文件经常是各有区别,因此我们常常需要将各类ID(ensamble ID、Entrez ID、ge...