目录 一、简介 二、读取分子1.读取SMILES/SMARTS2.读取.sdf3.读取.mol4.读取.mol25.读取其他格式 三、输出分子1.输出SMILES/SMART...
IP属地：宁夏
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RDKit|一站式搞定分子读取、输出、可视化
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Seurat分组随机选取细胞数实战（随机采样后找亚群DEG） 2022-06-01
关键词 随机取样细胞 Downsample cells 分组随机选取细胞 适用背景 之前的博客提到，R语言处理大数据效率较低，耗时长，一种解决方案是可以转用Python语言流...
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转录组有参分析之STAR比对及可变剪切
转录组有参分析之STAR比对及可变剪切 STAR比对的特点： 速度快 准确度高 3'reads soft clip genomeLoad LoadAndKeep 多个比对共享...
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scRNA-Seq | Seurat 包原理解析seurat 涉及的数据分析包括很多步骤。之前只顾着干活儿，也没有系统的整理过分析中的具体内容。这里就参照网上大神们分享的帖子，来梳理一下。 一、读入数据。 Read10X(...
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seurat-NormalizeData()源码解析年底复盘，发现很多知识点理解并不深入，想对这些不清晰的知识点重新梳理一下。 一、NormalizeData()归一化 考虑到文库测序深度的影响，我们需要对单细胞counts矩...
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Monocle3：拟时序分析写在前面：今天突然想写这个教程，花了一下午看资料，其实我前面是有一些基础的，但是看的还是会很乱，所以想把这个包的脉络写一下，希望能够可以跟大家讨论一下并且自己以后使用这个包的...
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Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
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分泌蛋白基因列表下载1. 数据下载 在读Single-Cell Reconstruction of Progression Trajectory Reveals Intervention Pri...
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内皮间质转化EndMT1. 简介 EndMT是指在多种刺激因素作用下，内皮细胞失去其原有特征并向间充质细胞进行转化（肌成纤维细胞、平滑肌细胞等）的过程，其结果是ECs在极性、形态和功能等方面发生重...
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seurat-FindAllMarkers()源码解析现在回想单细胞项目的一些常规分析，clusters/groups间的差异表达分析（differential expression analysis）几乎是分析必备项，Find...
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pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（三）参考生信技能树：pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...
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AI | 绘制通路图与热图的组合图经常有小伙伴问如何绘制下图这样代谢通路与热图的组合图，其中的代谢通路一般都需要经过“简化合并”，而热图一般使用通路中部分关键基因的表达量差异倍数（Log2FC）进行绘制，这样...
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细胞间通讯教程|| cellphonedb 及其可视化细胞配受体通识以及常见细胞分泌信号通路[https://www.jianshu.com/p/df4721d29a91]CellChat：细胞间相互作用分析利器[https:/...
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基因 ID 和 Symbol 转换前言 看了这么多期的 circos，都有点乏了，换换口味也是好的。 下面，咱就开始吧。 做生信分析，总是免不了要给基因 ID 和 Symbol 转换来转换去。 方法 一般要进...
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R——按行按列计数某个值出现的次数感觉使用编程语言一定要理解它的步骤含义，不然就算会使用它进行数据的处理，也很容易就会忘记，下一次还是会琢磨不透。 有一个星期多没有写代码处理数据了，昨天突然不会使用apply...
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生信 | scATAC-Seq数据获取（超快sra转fq）部分代码参考自10x genomics官网[what-is-cell-ranger-atac]，但绝大多数代码融入了我自己的思考 1、上游分析（软件安装 + 数据获取 + c...
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批量处理——基因之间的相关性相比于网页工具，使用编程语言处理科研数据的一大优势，在于高度的定制化，以及批量处理数据的快捷性和高效性 目录批量处理——for循环批量计算组间差异[https://www.j...
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测序结果概览：基因表达量rank瀑布图，高密度表达相关性散点图，注释特定基因及errorbar的表达相关性散点图绘制这是ggplot2可视化专题的第一个实例操作 ggplot2的基本思路见前文总论：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录 【ggplot2绘图具体策略...
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单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程单细胞GSEA分析需要的文件有两个：1. 单细胞基因表达变化数据（两列，一列是geneid/gene symbol，一列是logFC）（文件格式：.rnk）2. 目标基因集（...