Niugh

感谢老师分享，请问在计算系统发育信号的部分，Pagel‘s lambda得到最佳模型是BM之后，请问如何知道lambda的具体数值呢？得到calculate AIC weights之后该怎么进一步计算呢？非常感谢！

系统发育比较分析—R

系统发育树是研究物种进化历史必不可少的信息，我们可以利用它得到一些重要历史线索，如： 生物多样性（物种形成或灭绝）； 物种性状进化与多样化（Character evoluti...

Mr_我爱读文献

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Niugh

您好，请问您运行成功了么，这里pileus and substrate.txt文件格式是怎样的呀，我用我的文件运行时一直提示“incorrect number of dimensions”。😢😢😢

phytools祖先状态重建

最近做了一个祖先状态重建的工作，还是蛮有意思的。PS：需要说一下的是，RASP的祖先状态重建主要是分布区重建，用RASP的模型去做性状重建会出现非常奇怪的结果，顾换成R语言来...

小黑采蘑菇

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Niugh

感谢分享，请问pileus and substrate.txt文件格式是怎样的呀，我的文件大概是Aster_a L
Erigeron_a L
Lagenophora_s F
Monoptilon_b L …………运行时一直提示“incorrect number of dimensions”😭😭😭

phytools祖先状态重建

最近做了一个祖先状态重建的工作，还是蛮有意思的。PS：需要说一下的是，RASP的祖先状态重建主要是分布区重建，用RASP的模型去做性状重建会出现非常奇怪的结果，顾换成R语言来...

小黑采蘑菇

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Niugh

请问没有参考基因组的情况该怎么统计呢？

如何获取测序数据的average insert size

在学习用SOAPdenovo2组装基因组的过程中，发现配置文件需要填average insert size这一项。建库过程我是没有参与的，所以就不知道insert size到...

TOP生物信息

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Niugh

@土雕艺术家 谢谢您，我昨天换了1.8也成功运行了

BBMap/BBTools安装 2023-02-17

BBMap/BBTools官网下载通道https://jgi.doe.gov/data-and-tools/software-tools/bbtools/bb-tools-u...

土雕艺术家

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Niugh

您好，请问下您使用的java是什么版本呀？我使用的是openjdk version "1.7.0_75"，按照安装流程安装之后运行时一直报错，请问您了解是什么原因么？非常感谢！
报错如下：
Creating merged reference file ref/genome/1/merged_ref_13990193281371715.fa.gz
Exception in thread "main" java.lang.NoSuchMethodError: java.lang.Process.isAlive()Z
at dna.Data.testExecute(Data.java:1829)
at dna.Data.BGZIP(Data.java:1517)
at fileIO.ReadWrite.getGZipOutputStream(ReadWrite.java:533)
at fileIO.ReadWrite.getOutputStream(ReadWrite.java:382)
at fileIO.TextStreamWriter.<init>(TextStreamWriter.java:55)
at fileIO.TextStreamWriter.<init>(TextStreamWriter.java:32)
at fileIO.TextStreamWriter.<init>(TextStreamWriter.java:28)
at align2.BBSplitter.mergeReferences(BBSplitter.java:410)
at align2.BBSplitter.processArgs(BBSplitter.java:176)
at align2.BBSplitter.main(BBSplitter.java:42)

BBMap/BBTools安装 2023-02-17

BBMap/BBTools官网下载通道https://jgi.doe.gov/data-and-tools/software-tools/bbtools/bb-tools-u...

土雕艺术家

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Niugh

请问您后来怎么解决的呀，我手动安装和用conda安装都报这个错

BBtools的安装和简单使用

[TOC] 安装环境 Ubuntu18.10BBMap_38.31 安装过程 from the terminal window/linux shell: Extract th...

少年英雄小猪熊

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Niugh

使用https://github.com/vcftools/vcftools下载的安装包安装时需要root权限，这时可以使用sourceforge中已编译的包。 具体方法如下...