发简信
IP属地：四川
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利用Diamond-OrfPredictor获取可靠的转录本编码蛋白
总体思路是先通过Diamond将所有的转录本用blastp进行比对到UniprotKB蛋白序列非冗余库中。 将比对的结果获取了用于指导后期的OR...
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Ubuntu 本地电脑上配置php环境并部署RefFinder php用于计算并比较多个候选参考基因的工具，这个工具常出现在内参基因选择的文章中，通过整合多个算法并进行加权处理后得到一个推荐的内参基因。然而这个工具...
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第二篇：Evaluation of suitable reference genes for qRT-PCR normalization in strawberry (Fragaria × an...============= 1. 作者介绍 ============= 本文的作者是四川农业大学的园艺学院的博士，由于是我们课题组的，因此有一点...
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转录组分析实战附录：Trinity 拼接结果质量控制
在第二节中，我们采用了Trinity工具做了转录组数据的拼接，我一共是6个样本6个G的数据量，在我那个设置下跑了接近30多个小时就完成了拼接工作...
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转录组分析实战第七节：采用Trinotate对拼接结果进行注释
既然可以通过Trinity对所有的Reads进行拼接后得到很多的转录本（Transcripts) , 因此很有必要对这些转录本进行注释。 注释的...
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开集前的概述
些文章需要精读，有些文章需要泛读，而有些文章需要反复的咀嚼。 开这个文集的想法就是记录一些我觉得可以读的文章，精细阅读并且为了以后的反复阅读提供...
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第一篇：RNA-Seq analysis in MeV============= 1. 作者介绍 ============= 这是一个位于波士顿的癌症研究中心与英国牛津大学以及哈佛大学公共卫生学院共...
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Ubuntu 下Blast+工具的安装与环境配置NCBI的Blast工具一直是生物信息中重要的序列比对工具，也是很多基因家族鉴定工作中不可或缺的工具之一 最近NCBI推出了Blast+的软件工...
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转录组分析实战第五节：EdgeR对表达量矩阵进行基因表达差异分析通过前期的基因定量，我们通过RSEM或者Kallisto这些工具得到了每个基因或者转录本的表达量矩阵。输出的矩阵包含了基因以及在各个样本中的表达...