中科院研究生在读，努力学习中
发简信
IP属地：广西
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Hi-C分析练习（从fastq文件到contact矩阵）最近纽约复工，因为每天要做实验（还得全程戴口罩，非常闷得慌），比不了之前每天都在家可以为所欲为的自学生信，所以更新也少了很多~ Hi-C的技术相关背景学习笔记我在之前有写过（...
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平凡的生信之路<br>HUBU<br>UCAS<br>NUS<br>PKU
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比较基因组学常用分析软件和分析方法
转载自https://blog.csdn.net/qq_36608036/article/details/109466468[https://blog.csdn.net/qq...
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「基因组学」使用CAFE进行基因家族扩张收缩分析环境准备 安装软件: 参考「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析 安装OrthoFinder，然后再安装CAFE 数据准备: 一共会分析mouse, r...
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【比较基因组】共线性分析（WGDI）如果一个物种在进化过程中发生了多倍体化，那么，在基因组上就会存在一些共线性区域（即两个区域之间的基因是旁系同源基因，其基因的排布顺序基本一致）。多倍化以及后续的基因丢失和二倍...
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GWAS与基因表达量的联合分析前言 我们知道GWAS描述的是snp与表型之间的关系，即利用线性模型寻找与某种性状显著相关联的位点。但是发挥生物学功能的往往是蛋白质，蛋白质是由转录本翻译而来，那么建立基因表...
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滑窗统计基因组的一些特征值比如基因密度和GC含量1.划分窗口bedtools makewindows -g Chr.length -w 50000 > 50k.windows 2.计算每个滑窗内基因的数量 #同理可以...
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deeptools工具系列——比较不同bw_bam的信号差异目录 前言 bamCompare 工具1.1 工具原理1.2 使用说明1.3 使用实例 bigwigCompare 工具2.1 使用说明2.2 使用实例 前言 今天主要介绍下...
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如何高效而且优雅地比较多物种的不同基因组区域？写在前面 高通量测序技术的普及，带来的是遍地的基因组。昨日，OneKP项目又发了一个Paper【因为很久以前他们就发过，数据也早就可以获取】。他们再发多少paper，事实上，...
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跟着Nature Communications学数据分析：基因组水平的比对鉴定结构变异论文 Pan-genome inversion index reveals evolutionary insights into the subpopulation stru...
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GenomeSyn基因组共线性及结构变异可视化工具三代Pacbio和Nanopore测序技术的快速发展推动了比较基因组学领域的进步，泛基因组构建和结构变异识别成为该领域研究前沿。其中，共线性分析是比较基因组学的重要组成部分，...
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宏基因组学/群体遗传学 方向
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Select进阶查询·查询结果处理
一、定义： 对用select 命令查找到的数据再做处理， 类似于系统命令管道 例如 ps aux | grep httpd 二、语法格式： 语法格式1：不加条...
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Hi-C 进行染色体挂载Hi-C 技术原理 Hi-C是染色质区域捕获（Chromosome conformation capture）与高通量测序（High-throughput sequencin...
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复现一篇高分(IF = 11.274)孟德尔随机化分析文章-day3话不多说，直接上代码 部分结果展示 step 5. 所有SNP的F-stat值都大于10，因此都纳入分析中 step 6. 异质性检测结果 p = 0.3858222 > 0...
