最近纽约复工，因为每天要做实验（还得全程戴口罩，非常闷得慌），比不了之前每天都在家可以为所欲为的自学生信，所以更新也少了很多~ Hi-C的技术相关背景学习笔记我在之前有写过（...
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Hi-C分析练习（从fastq文件到contact矩阵） -
比较基因组学常用分析软件和分析方法
转载自https://blog.csdn.net/qq_36608036/article/details/109466468[https://blog.csdn.net/qq...
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「基因组学」使用CAFE进行基因家族扩张收缩分析环境准备 安装软件: 参考「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析 安装OrthoFinder，然后再安装CAFE 数据准备: 一共会分析mouse, r...
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【比较基因组】共线性分析（WGDI）如果一个物种在进化过程中发生了多倍体化，那么，在基因组上就会存在一些共线性区域（即两个区域之间的基因是旁系同源基因，其基因的排布顺序基本一致）。多倍化以及后续的基因丢失和二倍...
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GWAS与基因表达量的联合分析前言 我们知道GWAS描述的是snp与表型之间的关系，即利用线性模型寻找与某种性状显著相关联的位点。但是发挥生物学功能的往往是蛋白质，蛋白质是由转录本翻译而来，那么建立基因表...
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滑窗统计基因组的一些特征值比如基因密度和GC含量1.划分窗口bedtools makewindows -g Chr.length -w 50000 > 50k.windows 2.计算每个滑窗内基因的数量 #同理可以...
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deeptools工具系列——比较不同bw_bam的信号差异目录 前言 bamCompare 工具1.1 工具原理1.2 使用说明1.3 使用实例 bigwigCompare 工具2.1 使用说明2.2 使用实例 前言 今天主要介绍下...
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如何高效而且优雅地比较多物种的不同基因组区域？写在前面 高通量测序技术的普及，带来的是遍地的基因组。昨日，OneKP项目又发了一个Paper【因为很久以前他们就发过，数据也早就可以获取】。他们再发多少paper，事实上，...
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跟着Nature Communications学数据分析：基因组水平的比对鉴定结构变异论文 Pan-genome inversion index reveals evolutionary insights into the subpopulation stru...
