作者：ahworld链接：一文了解单细胞基因调控网络（GRN）来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 基因调控网络（GRN）决定并维持cell-typ...
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一文了解单细胞基因调控网络（GRN） -
RcisTarget || 从基因列表到调控网络单细胞技术正在加强我们对细胞本身的理解。什么是细胞类型，不就是基因选择性表达的结果吗？而基因的选择表达受到一系列的转录调控，在这个意义上，细胞命运背后的驱动力在于各自转录因子...
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pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（一）
参考生信技能树：pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...
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SCENIC单细胞转录因子分析1. 简介 SCENIC（single-cell regulatory network inference and clustering）是一个基于共表达和motif分析，计...
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AUCell：在单细胞转录组中识别细胞对“基因集”的响应使用AUCell识别单细胞rna数据中具有活性“基因集”(i.e. gene signatures)的细胞。AUCell使用“曲线下面积”(Area Under the Cu...
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GENIE3——一款预测基因调控网络的R包
在网上随意浏览的时候，无意间发现另一种可以构建调控网络的软件，叫做GENIE3。这是一个R包，直接在R里运行。这款R包基于你的表达矩阵来推测基因之间的调控关系。 虽然共表达网...
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Seurat::DotPlot绘图美化-facet方法添加X轴注释标签获取Seurat气泡图的绘图数据 创建x轴分类标签注释 将注释添加到data.usage方便绘图调用 根据需求重排y轴绘图标签顺序 重绘气泡图并基于facet分面方法为x轴添...
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Permutation test（置换检验）以及在R中的应用Permutation test 可以称作是置换检验，Fisher于20世纪30年代提出的一种基于大量计算（computationally intensive），利用样本数据...
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单细胞分析之细胞交互-1：CellphoneDB常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
