文章目录 一、分子指纹计算二、相似性搜索三、自定义搜索函数 一、分子指纹计算 本文介绍在windows环境下，使用rdkit函数在postgresql数据库中进行相似性搜索。...
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RDKit|在PostgreSQL中进行分子相似性搜索
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RDKit|在PostgreSQL中进行分子结构搜索与查询
文章目录一、环境搭建二、数据表准备三、结构搜索与查询 1.smiles子结构搜索 2.smarts子结构搜索 3.立体信息的结构搜索 4.带取代基的结构搜索 一、环境搭建 本...
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RDKit|支持RDKit的PostgreSQL环境搭建与基本操作
一、环境配置1.windows下的安装与初始化2.用户设置与服务启动 二、操作使用1.cmd操作2.python操作 一、环境配置 PostgreSQL是一个开源、可扩展的关...
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RDKit|分子修改与编辑
文章目录 一、初级篇 氢原子显示与隐藏 芳香键与kekule式转换 二、高级篇 Atom和Bond对象的编辑功能 RWMol类的编辑功能 一、初级篇 1.氢原子显示与隐藏 正...
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RDKit|分子基础操作与药效团查找分子基础操作与药效团查找 文章目录 1.原子操作 2.键操作 3.环操作 4.手动实现氧族药效团查找 1.原子操作 在rdkit中，分子中的每一个原子都是对象，可以通过原子对...
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RDKit|通过Recap和BRICS对分子拆解与合成
文章目录 1.Recap拆解 2.BRICS拆解 3.BRICS合成 Recap和BRICS对分子拆解与合成 1.Recap拆解 另一个与化学反应相关的功能是Recap，Re...
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RDKit|在化学反应中对原子进行保护
文章目录 1.rxn文件创建反应 2.保护目标原子 在化学反应中保护原子 本文是化学反应的进阶操作，关于使用rdkit进行化学反应的操作可以参考这篇文章。有时在使用rxn文件...
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RDKit|化学反应操作与处理
化学反应1.SMARTS创建反应2.rxn文件创建反应3.产物后处理 化学反应 Rdkit中提供了基于SMARTS的化学反应操作，可以通过SMARTS或rxn反应文件构建反应...
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RDKit|骨架分解与侧链分离
一、骨架分解1.Murcko Scaffold2.Generic Framework 二、侧链分离1.rdRGroupDecomposition2.ReplaceCore 一...
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RDKit|分子片段、片段指纹与指纹重要性分析
一、分子片段生成 二、片段指纹生成 三、指纹重要性分析 一、分子片段生成 分子片段（Molecular Fragments）是一组相连的原子，并可能包含有相关官能团。在rdk...
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RDKit|化学特征、药效团提取与2D药效团指纹计算一、化学特征和药效团提取 二、化学特征文件介绍1.化学特征（chemical features）2.FDef文件语法 三、2D药效团指纹1.编码原理2.参数设置3.生成2D药...
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RDKit|分子描述符计算与可视化一、描述符计算模块1.rdkit.Chem.Lipinski模块2.rdkit.Chem.Descriptors模块3.rdkit.ML.Descriptors.Molecu...
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RDKit|分子指纹提取、相似性比较及应用一、分子指纹提取1.Topological Fingerprints2.MACCS3.Atom Pairs and Topological Torsions4.Morgan ...
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RDKit|最大公共子结构搜索与参数介绍
最大公共子结构 1.搜索方法 2.bondCompare参数 3.atomCompare参数 4.maximizeBonds参数 5.matchValences参数 6.ri...
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RDKit|摩根分子指纹计算、提取与可视化
目录 一、摩根分子指纹计算1.简介2.SparseIntVects3.ExplicitBitVects44.FCFPs5.更多泛化 二、摩根分子指纹提取1.提取方法一2.提取...
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RDKit|分子子结构的删除、替换与切割分子子结构操作1.删除子结构2.替换子结构3.切掉侧链4.切掉母核 分子子结构操作 RDKit包含了一些修改分子的函数，这些函数可以方便地对分子进行子结构删除/替换等操作。更...
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化学信息学|SMARTS规则速查表
一、SMARTS简介 是什么SMARTS（SMiles ARbitrary Target Specification）是一种用于描述分子模式和属性的语言。SMILES所有的符...
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RDKit|搜索子结构时对侧链进行条件限制
目录 一、简单子结构搜索1.初始化2.获取所有匹配的结构3.查看匹配的结构 二、带条件的子结构搜索1.定义条件2.对侧链设置条件3.使用条件进行筛选4.其他条件举例 一、简单...
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RDKit|搜索并高亮展示分子中匹配的子结构目录 一、单个子结构搜索与展示1.判断是否包含子结构2.搜索并返回子结构3.获取匹配的原子和索引4.绘制子结构 二、多个子结构搜索与展示1.搜索并返回所有子结构2.获取匹配的...
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RDKit化学信息学与机器学习
