文章目录一、环境搭建二、数据表准备三、结构搜索与查询 1.smiles子结构搜索 2.smarts子结构搜索 3.立体信息的结构搜索 4.带取代基的结构搜索 一、环境搭建 本...
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RDKit|在PostgreSQL中进行分子结构搜索与查询
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RDKit|在PostgreSQL中进行分子相似性搜索
文章目录 一、分子指纹计算二、相似性搜索三、自定义搜索函数 一、分子指纹计算 本文介绍在windows环境下，使用rdkit函数在postgresql数据库中进行相似性搜索。...
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RDKit|支持RDKit的PostgreSQL环境搭建与基本操作
一、环境配置1.windows下的安装与初始化2.用户设置与服务启动 二、操作使用1.cmd操作2.python操作 一、环境配置 PostgreSQL是一个开源、可扩展的关...
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RDKit|化学反应操作与处理
化学反应1.SMARTS创建反应2.rxn文件创建反应3.产物后处理 化学反应 Rdkit中提供了基于SMARTS的化学反应操作，可以通过SMARTS或rxn反应文件构建反应...
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RDKit|在化学反应中对原子进行保护
文章目录 1.rxn文件创建反应 2.保护目标原子 在化学反应中保护原子 本文是化学反应的进阶操作，关于使用rdkit进行化学反应的操作可以参考这篇文章。有时在使用rxn文件...
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RDKit|通过Recap和BRICS对分子拆解与合成
文章目录 1.Recap拆解 2.BRICS拆解 3.BRICS合成 Recap和BRICS对分子拆解与合成 1.Recap拆解 另一个与化学反应相关的功能是Recap，Re...
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RDKit|分子基础操作与药效团查找分子基础操作与药效团查找 文章目录 1.原子操作 2.键操作 3.环操作 4.手动实现氧族药效团查找 1.原子操作 在rdkit中，分子中的每一个原子都是对象，可以通过原子对...
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RDKit|分子修改与编辑
文章目录 一、初级篇 氢原子显示与隐藏 芳香键与kekule式转换 二、高级篇 Atom和Bond对象的编辑功能 RWMol类的编辑功能 一、初级篇 1.氢原子显示与隐藏 正...
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RDKit|分子子结构的删除、替换与切割分子子结构操作1.删除子结构2.替换子结构3.切掉侧链4.切掉母核 分子子结构操作 RDKit包含了一些修改分子的函数，这些函数可以方便地对分子进行子结构删除/替换等操作。更...