欢迎关注同名公主号：BBio 流程包括单切片的基本分析、scRNA整合、多切片整合。 参考：https://satijalab.org/seurat/articles/spa...
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分析流程||Seurat空间转录组分析流程 -
单细胞空间转录分析之Seurat将空间位置信息和转录组分析相结合，对于癌症、免疫、肿瘤免疫相互作用，组织微环境，神经和发育等领域，有着令人期待的应用前景。 而作为单细胞转录组必备R包Seurat,与时俱进，...
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10X空间转录组-----空间高变基因检测之SpatialDE今天我们来学习一下简单的基础知识，空间高变基因，之前呢，已经分享过Seurat内置的方法计算高变基因，文章在10X空间转录组之基因的空间表达模式[https://www.ji...
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clusterProfiler: No gene can be mapped | 怎么破？日常瞎掰 奇奇怪怪的事又发生了，真就应了那句话，不出意外的话，意外就会发生了。。。 最近需要用clusterProfiler做KEGG富集，然后就出现了意外，居然出现N...
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TCGA数据库MAF文件的分析以及可视化（maftools包的使用）这两天“王院长”帮别人分析snv数据，顺便给我推荐了一个R包：maftools。我看了一下官网，感觉是个非常强大的R包。那必须要学习起来~实际上网上已经有很多教程了，但都是用...
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2023-05-06 | vep注释的解析注意： non-coding包括intergenic + UTR + intronexon包括CDS + UTRupstream和downstream一般指基因上下游的2kb...
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使用mclust进行聚类分析mclust(Model-based clustering) 能够基于高斯有限混合模型进行聚类，分类以及密度估计(density estimation)。对于具有各种协方差结...
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WGCNA原理和分析流程WGCNA全称weighted gene co-expression network analysis，即加权基因共表达网络分析。它是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法，...
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融合检测之FACTERA
FACTERA：https://factera.stanford.edu/download.php FACTERA (Fusion And Chromosomal Trans...
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GATK-3.8(最新稳定版)遗传突变分析流程(SNPs和INDELs)GATK现在最新的稳定版已经到了3.8，测试版是4.0。3.8版和之前的版本还是有比较大的不同的，但核心算法与4.0的差异不大，4.0主要整合GATK和picard工具并...
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基因突变检测之Mutect2写在前面的话 今天是2021年1月3号，年底一番瞎忙活，停更了好长一段时间的简书。人生中有个很重要伯乐导师告诉我，在这个事多的工作环境下，没人愿意看你太多的废话。直奔重点才是...
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VCF文件质控 —— VariantFiltration
在获得SNP和INDEL后，需要对raw data进行质控，剔除假阳性的标记，GATK官方推荐的方法是VQSR，原理是利用已知的数据库和测序数据进行比较，评估位点的可信度。 ...
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ASE（等位基因特异性表达） —— 完整流程
前段时间，接了老师一个等位基因特异性表达的任务，前后再加上其他的分析带着做，再捋流程，拖拖拉拉也用了小一个月，终于从原始测序数据，得到了最终的那张table，具体的内容基本已...
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NGS基因检测Panel的探针设计背景 目前市面上的肿瘤靶向用药基因检测Panel已非常常见，除了直观层面的gene种类、数目、捕获建库方法的不同外，对于肿瘤panel， 探针定制之初相关的MSI位点、...
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一文搞懂——GATK MarkDuplicates 原理1 为什么要进行 MarkDuplicates 重复 reads 被定义为源自单个 DNA 模板的序列。临床应用场景下比如检测肿瘤的突变频率，当测序的reads中 发生/不发...
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单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很多，这儿我们主要讲述3种功能分...
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10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之CellChathello，大家好，今天我们来分享一下细胞通讯的文章CellChat，其实有关这个软件已经有了很多的文章来介绍了，2020年的6月份我和Cellchat的作者聊过一次，当时感...
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CellChat：细胞间相互作用分析利器前言 我们知道，细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用，另一个通过细胞产生的可溶性小分子，即细胞因子。在单细胞数据分析中下游，有时候我们想看某几种细胞类型之间的相互...
