测试集和验证集说反了
验证集与测试集有什么区别？为什么要分训练集、验证集和测试集？测试集与验证集的存在主要是为了把调参与评估泛化能力分为两个相对独立的步骤，体现了正交化思想。 验证集一般用于进一步确定模型中的超参数（例如正则项系数、神经网络...
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ScaleData()和NormalizeData()的区别
seurat包中ScaleData()和NormalizeData()的区别 以pbmc3k数据为例： 接下来探究NormalizeData和ScaleData对数据的处理：...
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10X单细胞（10X空间转录组）基于马尔可夫过程和RNA速率的细胞命运预测（Cellrank）hello，今天我们来分享一个更加完善的单细胞轨迹分析的软件，cellrank，文章在CellRank for directed single-cell fate mappi...
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使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十六章)本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顾: 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 使用ArchR分析单细胞ATAC-...
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使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第五章)本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顾: 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 使用ArchR分析单细胞ATAC-...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第三章)本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顾: 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 使用ArchR分析单细胞ATAC-...
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CD14+ Mono的cluster标记错了，和它marker gene所处的cluster对不上
Seurat官方教程 | pbmc3k_tutorial最新版
Compiled: March 18, 2021 来源：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html[...
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TCGA-数据整理（counts =》表达矩阵）
0、R包安装 1、差异表达矩阵 2、基因差异分析(三选一就可以进行后续分析) 测序的数据，DESeq2 ，edgeR一般用的比较多，接受的是RNAseq的count数据，非l...
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RNA-seq中的那些统计学问题（一）为什么是负二项分布？1. 转录组数据统计推断的难题 在RNA-seq中进行两组间的差异分析是最正常不过的了。 我们在其它实验中同样会遇到类似的分析，通常，我们可以用方差分析判定两组“分布”数据间...
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RNAseq pipline: Hisat2 samtools featureCounts DESeq2
花了两天整理的RNAseq pipline 分享出来，供学习参考，同时也听听大家的建议。RNAseq pipline: Hisat2 -> samtools -> featu...
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DESeq2的基本使用DEseq预热 主要就是这几个步骤了。 1. counts: 查看每个样本在每个基因上的counts数 2. 构建DESeqDataSet 3. run DESeq() & ...
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绝命毒师
