本文并非教程，只是总结一下日常学习的经验。因为本人也是小白，难免会有错误，欢迎各位交流指正。 https://github.com/zichner/primerDesign大...
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PrimerDesign使用总结
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Python如何成为科研效率的倍增器
究竟为什么要学编程，可能每个人在行动之前都会有这样的疑问。因为炫酷，可以装逼，荧幕上的黑客都帅呆了；因为潮流，整个社会都在宣传学编程，各种广告铺天盖地，再不学就out了。诚然...
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art-illumina模拟测序1.安装软件及下载基因组数据 1.1 下载art-illumina测序软件 链接 1.2 下载基因组数据 从genome下载基因组序列，解压（酿酒酵母YJM1338） 2.模...
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一文看懂病原微生物检测（下篇）
作者：biofan审稿：童蒙编辑：amethyst 继一文看懂病原微生物检测（上篇）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MjM5NTE4...
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实验技术（2）——引物设计相关【进入正题】 前面提到的几个探究蛋白互作相关的实验，其实第一步都需要构建合适的质粒，那么就少不了设计靠谱的引物了。 通常来说，引物的设计需要遵守一些基本的原则。这些原则很细，...
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多个转录变体间保守序列的查找使用荧光定量PCR进行真核物种的基因表达量研究时，经常会遇到这样一个问题：有些基因经常存在多个转录变体，我该使用哪个转录本的序列进行引物的设计呢？ 1 什么是转录变体 要搞清...
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病原微生物检测引物及探针设计
最近在搞一个PCR法病原微生物检测产品的引物及探针设计项目，在进行调研初步了解后，发现此项目重难点在于序列数据库构建及模板序列的挖掘。 序列数据库构建主要是因为数据量...
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如何利用NR库快速进行物种鉴定
作者：charon审稿：童蒙编辑：angelica 引言 在做基因或者蛋白质功能注释的时候，NR数据库包含非常重要的信息。但是有没有人跟我一样遇到相同的苦恼，就是在运行的时候...
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更新NT数据库的二三事最近被要求更新一下NT数据库，然后踩了好多坑，想记录下来，避免以后再犯。 首先去官网上直接下载nt.fasta（wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih....
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探针寻找之旅（9）——BWA-aln比对短序列探针到基因组
BWA-aln简介 BWA（Burrow-Wheeler Aligner），是一款将DNA序列mapping到参考基因组上的软件，能够将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基...
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如何在blast结果中添加详细的物种信息
之前无论是做blastn或者是blastp都是仅仅在blast结果中显示了种属信息，没有添加详细的信息，添加种属信息很简单，只要结果里生成XML格式，之后转化成xls格式就O...
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论引物特异性的重要性，顺便带你看懂花花绿绿的结果写在前面 常做分子实验的小伙伴们，一定都离不开引物设计，其重要性我相信不用多说。而在我们设计引物的过程中，引物的特异性往往决定PCR的产物是否有杂带，从而影响下游实验，直接影...
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根据引物定位PCR产物序列及基因组位置查阅文献或者专利时，有一个序列是你非常需要，但是相关文献/专利只提供了相关引物以及该引物所在基因名，并没有提供可扩增得到的具体序列以及位置信息，当然可以进行PCR实验扩增出目...
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用blast进行短序列（20nt左右）的搜索
一句话概括就是：blastn多加上-task blastn-short -word_size 7 -evalue 1就ok了。 这段时间用blastn比较多，所以遇到这个问题...
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本地化BLAST+进行目标序列比对举个栗子🌰： 最近对拟南芥中的一个叫做CBF的基因非常感兴趣，现在我想看看这个CBF基因在一个新测序的物种Am基因组上是否存在，Am中有几个CBF基因？这样的查找可以通过本地...
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ARGs-OAP: 抗性基因在线分析工具ARGs_OAP_v2.0（步骤1）：https://github.com/biofuture/Ublastx_stageoneARGs-OAP在线分析网站（步骤2）： ht...
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TCGA+biomarker——决策曲线分析法（DCA）
DCA曲线简介 DCA是一种评估临床预测模型、诊断试验和分子标记物的简单方法。传统的诊断试验指标如：敏感性，特异性和ROC曲线下面积仅测量预测模型的诊断准确性，未能考虑特定模...
